mikrobiyolog

Glikozu fermente eden, oksidaz (+) bakterileri içeren bu aile genelde sindirim sistemi infeksiyonları oluştururlar. Bu ailede Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas cinsleri önemlidir.

Bağırsakta bulunan en yoğun aerop bakteridir. Hareketli, laktoza etkili ve indol (+) olmasıyla tanınır. Endo besiyerinde metalik parlaklık veren koloniler oluşturur. Kapsül yapısı fagositozu önler. K1 antijeni meningokokun B grubu kapsül antijeni ile idantiktir. K1 antijeni ile yenidoğan menenjitleri arasında ilişki vardır. Abdominal cerrahi sonrası gelişen peritonitin en sık etkenidir (TUS). E. colilerde farklı özellikte çok sayıda fimbria bulunur. E. coli çeşitli klinik tablolara yol açmaktadır. Üriner sistem infeksiyonlarında tüm yaş gruplarında en sık etkendir (TUS). Yenidoğan menenjiti ve sepsislerinde en sık etkenlerdendir. Bu klinik tablodan özellikle K1 kapsüler antijeni olanlar sorumludur. Toplum kaynaklı sepsis olgularında özellikle kaynak üriner sistem ise en sık etkendir. Bunlar dışında pek çok hastane infeksiyonuna yol açabilmektedir.

Çevrede ve sindirim sisteminde bol bulunabilen sporlu bakterilerdir. Bazıları zorunlu anaerop iken bazıları (C. tertium, C. histolyticum) aerotolerandır.

Gram (+) çomaklar arasında ayrımda ilk önemli özellik spor oluşturma yeteneğidir. Anaerop üreyenler arasında Clostridium, aerop üreyenler arasında Bacillus cinsi bakteriler spor oluştururlar. Bunlar dışında morfolojik özellikleri ve diğer biokimyasal özellikleri ile ayrım yapılabilir. Pleomorfik, düzensiz boyanan, Çin harfleri gibi topluluklar oluşturan, Neisser yöntemiyle boyandığında metakromatik cisimcikler saptanan bakteriler Corynebacterium cinsi olarak tanımlanırlar.

(S. mutans, S. sanguis, S.salivarus, S. milleri) Çoğunluğu alfa hemolitik ya da hemolizsiz, Lancefield antijeni ile tiplendirilmeyen, orofarinks, sindirim sistemi, ürogenital sistemde bol bulunan bakterilerdir. Pnömokoklardan optokine dirençli olmaları, safrada erimemeleri ile ayrılırlar. Enterokoklardan %6.5 NaCl buyyonda üreyememeleri ile ayrılabilirler. En önemli klinik tablo subakut bakteriyel endokardit oluşturabilmeleridir.

Streptokoklar, gram (+) , zincirler oluşturarak üreyen fakültatif anaerob koklardır. Streptokok ailesinin en belirleyici özelliği katalaz (-) olmalarıdır. Streptokoklar öncelikle hemoliz özellikleriyle üç büyük gruba ayrılırlar. Kanlı besiyerinde eritrositleri tamamen eritenler (beta hemoliz), kısmi bir erime yaratanlar (alfa hemoliz) ve hemoliz yapmayanlar (non-hemolitik, gama hemoliz). Ayrıca streptokoklar hücre duvarındaki karbonhidrat antijenlerine göre de sınıflanabilirler (Lancefield sınıflaması).

Nukleus zarı ve çekirdekçik bulunmaz. Sitoplazmanın ortasında stoplazmaya belirli bölgelerden (mezozom) bağlanan , kıvrımlar halinde sıkıştırılmış olarak bulunan tek ve kapalı bir zincir halindeki DNA ‘dan ibaret nükleoid bulunmaktadır. DNA genelde kapalı (sirküler) bir yapıda iken bazı bakterilerde lineer olarak bulunmaktadır (LYME hastalığı etkeni Borellia burgdorferi lineer DNA taşır) .

Sitoplazmada Golgi aygıtı, lizozom, mitokondri bulunmaz. Ribozomlar ise (70 S) sitoplazmada bulunurlar. Ribozomlarda protein sentezi gerçekleştirilir ve ökaryot ribozomlarından daha farklı yapısı nedeniyle antibiyotikler (aminoglikozid, tetrasiklin, makrolid,…) seçici olarak sadece bakteri ribozomlarını etkilemektedir. Ayrıca sitoplazmada dairesel kendi kendine çoğalabilen DNA dizileri (plazmid) ve küçük , çoğalmayan fakat diğer DNA dizilerine girebilen diziler (transpozon) de belirlenebilirler.

ØHücre duvarı yoktur ØPenisilin yada lizozim kullanılarak peptidoglikan uzaklaştırılmıştır ØOrijinal olarak araştırma için laboratuvarda yapılır Protoplast hücre duvarı olmayan G(+)’lerdir. Phaeroplastlar etrafında hala lipit tabakası taşıyan G(-)’lerdir. Mutantlar L formları hücre duvarına sahip olması gereken fakat olmayan formlardır. Mycoplasma genusu hücre duvarından yoksundur, özel bir membran ile çevrilidir.

Hiçbir Archaebakterial hücre duvarı peptidoglukan içermez. Archaebakterial hücre duvarı pseudopeptidoglukan (= Pseudomurein ), polisakkarit veya protein (S tabaka) yapısındadır. Pseudopeptidoglikanın omurgası N-asetilglikozamin ve N-asetiltalosaminüronik asittir Pseudopeptidoglukan, Peptidoglukana benzer olarak peptid bağı ile çapraz bağlanmış glukan birimlerinden oluşmuştur. Pseudopeptidoglukan da şekerler β,1-3 glikozidik bağ ile birbirine bağlıdır. Peptidlerdeki aminoasitler L-aminoasittir. Lizozim enzimi ile yıkıma uğramaz.

ØPeptidoglikan=Murein ØN acetil muramik asit (M) ve N asetil glukozamin (G) moleküllerinin β 1-4 glikozitik bağı ile bağlanmasından oluşur ØSelluloza benzerdir ØHer iplikte 10-65 şeker bulunur ØG(+)’lerde G(-)’lere göre daha fazla çapraz bağlanma vardır ØDAP diaminopimelik asit bakterilerin sadece hücre duvarında bulunur

Hücreye şekil verir Gram pozitif hücreler daha sert bir yapıya sahiptir Antibiyotik ve kemoterapötikler için iyi bir hedeftir Gram boyamanın esasını oluşturur Hastalık semptomları için bazı sinyal bölgeler içerir Lipt A bir endotoksindir Farklılaşma için antijenler içerir Hücrenin aşırı büyümesini ve hipotonik solusyonlarda patlamasını önler

Lipidler bakteriyal membranda bulunanlardan farklıdır. Archaeal lipidler isopranoid alkolleri içerir. 20 veya 40 karbon uzunluğundadırlar gliserole eter bağı ile bağlıdır. –C20 alkol phytanol (fitanol) diye isimlendirilen tamamen doymuş hidrokarbondur. –C40 , iki phytanoldür. –İki phytanol birbirine başabaş bağlıdır. Yani gliseroldieterler ve digliserol tetraeterler archaeal membranda bulunan başlıca lipidlerdir. Gliserol dieterler lipid bilayer ve tetraeterler ise monolayer tabaka oluştururlar. Bazı Archaebacteria sadece dieterleri içerirler. Dieter ve tetraeterlerin oranı bakteriye göre değişmektedir. Archaeal membran proteinleri hakkında çok az bilgi vardır. Termoasidofilik archaea ve bazı metanogenler tetraeter gliserolipidlere sahiptir. Lipid monolayer tabaka (tek katlı lipid tabakası) her iki ucunda polar bir baş taşıyan ve membranda boydan boya uzanan lipidlerden oluşmuştur. Orta bir bölge olmadığından lipid tek katı ısıya karşı daha dirençlidir. Yüksek ısıya dirençli olmaları termofilik mikroorganizmaların bir avantajıdır. Eter bağlı lipidler yüksek sıcaklıkta büyüme için gerekli değildir

Protoplast hücre duvarı olmayan G(+)’lerdir. Sphaeroplastlar etrafında hala lipit tabakası taşıyan G(-)’lerdir. Mutantlar L formları hücre duvarına sahip olması gereken fakat olmayan formlardır. Mycoplasma genusu hücre duvarından yoksundur, özel bir membran ile çevrilidir.

Hücre duvarı daha kompleks bir yapıda Teikoik asit bulunmaz Peptidoglikan tabakası daha az kalınlıkta (hücre duvarının % 5-10’u kadar) Dış membrana sahiptir %20-25 fosfolipitler içerir-hidrofobik kuyruk ve hidrofilik baş %30 LPS lipopolisakkarit %40-45 proteinler

10-15 nm kalınlığında 30-200 molekül hücre kuru ağırlığının %40-90 temel komponenti peptidoglikan (=murein) aynı zamanda teikoik asitler içerir (hücre duvarı ağırlığının %50’si kadar)

Kalisiviruslar ve Norwalk virusu zarfsız, (+) RNA içeren viruslardır.Kontamine yiyecek-içeceklerle, fekal-oral yol ile bulaşır. İnce barsak villus atrofisine ve sonuçta ishale yol açar. Erişkinlerdeki viral ishallerin çoğundan Norwalk virusu sorumlu tutulmaktadır. En iyi yöntem dışkıda antijen aranmasıdır.

Fiziksel ve kimyasal ajanlardan hücreyi korur fakat besinlerin ve atıkların hızlıca geçişine izin verir.

Diğer hücrelere bağlanma Her hücrede 200 kadar fimbria bulunur

Sadece elektron mikroskobunda görülür Kısa protein çıkıntılarıdır

Hareket – genellikle basiller üzerindedir İdentifikasyon Tiplendirme monotrik-1 flagella peritrik-hücre üzerinde tamamen kaplı bir bölgede birden fazla

Zarfsız, çift sarmal lineer bir DNA taşıyan ve kapsidden dışarıya fiber denilen çıkıntıları olan viruslardır. Bu çıkıntılar ile hücrelere tutunma ve hemaglütinasyon belirlenebilir. Kapsidde bulunan hekzon antijenler cinse özgüdür ve tüm adenoviruslarda bulunur, çıkıntılarda bulunan penton antijenler tipe özgü antijeniteyi sağlar(TUS). Bazı serotipler doku tropizmi gösterirler. Mukozal yüzeyleri (GIS, solunum, konjonktiva) infekte ederler.

Deri ve mukozada rastlanan abse, büllöz impetigo, folikülit, dolama (panaris),arpacık (hordoleum), sycosis barbae, hidrozadenit, karbonkülün en sık nedeni S. aureustur. Haşlanmış deri senromu; yenidoğanlarda görülür, Nikolsky bulgusu(+) bulunur. Eksfolyatif toksinin stratum granülosum üzerine toksik etkisinden dolayı oluşan klinik bir tablodur. Erişkindeki büllöz impetigo ile aynı hastalık olduğu bulunmuştur. Yenidoğan döneminde gelişen ağır formuna Ritter sendromu adı verilir. Toksik şok sendromu;multiorgan tutulumu, yaygın döküntü ve hipotansiyonun görüldüğü bir klinik tablodur. En sık menstürasyon gören kadınların tampon kullanımıyla ilişkili bulunsa da başka bölgelerdeki S. aureus infeksiyonları/ kolonizasyonları da neden olabilir. TSST-1 adlı toksinin süperantijen olarak olayları başlattığı düşünülür. Yaygın , deskuamasyonla soyulan döküntü ve hipotansiyon en uyarıcı bulgulardır. Sepsis ve endokarditin önemli bir nedenidir. Metastatik infeksiyon sıktır.Sepsis seyrinde septik emboliler ve nekroz sıklıkla belirlenir. Bakteriyemi/ sepsis tablosunda böbreklerin etkilenmesi ve idrarda S. aureus belirlenmsi sıktır. İV ilaç bağımlılarında sağ kalp endokarditinin en sık etkenidir, en sık triküspit kapak tutulur (TUS). Erişkin yaş ve >5 yaş çocuklarda en sık septik artrit etkenidir (Cinsel aktif dönemde osteomiyelit sıklıkla gonokoklarla oluşmaktadır). Osteomiyelitlerde de en sık etkendir. Orak hücreli anemide osteomiyelit etkeni olarak Salmonellalar beklenenden daha fazla görülseler de bu hasta grubunda da en sık etken S. aureustur (TUS). Ayrıca pnömoni,ampiyem, bakteriyemi, menenjit, sinüzit, renal abse gibi klinik tablolarda da etken olabilir. Pnömoni tabloları hızla küçük abselerle karakterize(pnömotosel) ağır bir klinik tablodur. İV ilaç bağımlıları ve hemodiyaliz hastalarında pnömoninin en sık etkeni S. aureustur. Penetran yaralanmalardan sonra gelişen menenjitlerde en sık etken S. aureustur. Şant infeksiyonunda ise PK (-) stafilkoklardan sonra ikinci sıklıkta etken olarak karşımıza çıkarlar.

Stafilokoklar üzüm salkımı tarzında kümeler oluştururlar. Koagülaz (plazmayı pıhtılaştıran enzim) varlığı ile başlıca iki grup altında incelenebilirler. Plazmayı koagüle edenler (ki bu grupta tek etken hatırlanır : S aureus ) ve plazmayı koagüle etmeyenler (PK(-) stafilokoklar). Sonuçta stafilokoklar katalaz(+) olmaları ile streptokoklardan ve basitrasine dirençli fakat lizostafin ve furazolidona duyarlı olmalarıyla mikrokoklardan ayrılabilirler. S. aureus koagülaz özelliği yanında beta hemoliz yapması, altın sarısı pigment (Aurum:altın) oluşturması , manniti fermentlemesi (Chapman besiyerinde ayrım nedeni) , DNAse aktivitesi ile de diğer stafilokoklardan ayrılabilir. PK(-) stafilokoklardan ensık olarak insanda hastalık yapan türler S. epidermidis ve S saphrophyticus ‘tur. S saphrophyticus novobiyosine dirençli olması ile ayrılabilir

Gram (-) çomaklar temel özellikleriyle 4 gruba ayrılabilir. 1. Or üreyen Gram (-) çomaklar: Franciella, Brucella, .. 2. Fermentatif, oksidaz (-): Enterobactericeae 3. Fermentatif, oksidaz (+): vibrio, Aeromonas, plesiomonas 4. Nonfermatatif Gram (-) çomaklar. Bu aile fakültatif anaerop, katalaz(+), oksidaz (-) , glikozu fermente eden Gram (-) çomakları içerir. Bu bakteriler nitratı nitrite indirgerler. Dışkıda bulunan en yoğun aerobik bakteri popülasyonunu oluştururlar. Escherichia, Salmonella, Shigella, Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Yersinia, Serratia, Providencia, Morganella, Hafnia, Citrobacter, Edwardsiella,… başlıca cinsleri oluşturur. Genelde adi besiyerlerinde ve Gram(-)çomakları seçen besiyerlerinde iyi ürerler. Mac Conkey agar, Endo agar, Eosin-Metilen Blue (EMB) agar besiyerleri bu amaçla geliştirilmiştir. Bu besiyerlerinde bulunan laktoza etki edip etmemeye göre de seçilebilirler. Ayrımda laktozu fermente edemeyenler (Salmonella, Shigella, gibi) şeffaf koloniler oluşturur.