mikrobiyolog

Vejetatif yapı TALLUS adını alır. Vejetatif yapıyı oluşturan iplikçiklerin her birine HİF denir. Hiflerin oluşturduğu ağ yapıya MİSEL denir. Hifi oluşturan, silindirik hücreler SEPTUM denen bölmelerle birbirinden ayrılırlar. Septum bulunmayan hifler SÖNOSİTİK adını alır. Septa içeren hiflerde bile septumdaki porlar sayesinde hücrelerin sitoplazmaları birbiriyle bağlantılıdır.

-Mikrobiyolojide 3 temel fungus grubu vardır: -Küfler -Mayalar -Şapkalı mantarlar

Filamentli basidiomycetes üyeleridir Bazıları yemeklik olarak kullanılır Toprakta veya ağaç gövdelerinde saprofit olarak yaşarlar Basidiosporları vardır Agaricus bisporus tüm dünyada yetiştirilir Şapkalı mantar kısımları –Şapka ve şapka altında sapa doğru ışınsal uzanan plaka benzeri yapılar olan lameller –Sap Lamellerin her tarafı basidiumlar ile kaplıdır Basidiumda karyogami ve mayozu takiben 4 spor oluşur Sap etrafında ve şapka kenarının altında bir halka (annulus) bulunur Bu halka sporlar oluşmadan önce lamelleri kuşatan velumun kalıntılarıdır Basidium oluşum evreleri; –Hifler birleşerek iki nükleus bir araya gelir –Karyogami oluşur –Hücre uzamaya başlar –Mayoz bölünmeyle 4 haploid nükleus oluşur –Nükleuslar uclara doğru hareket eder –Uç kısımlarda şişkinlikler oluşur ve nükleuslar bu kısımlara girer –Her biri bir spora dönüşür –Basidiosporlar meydana gelmiş olur

Tek hücreli canlılardır Yuvarlak, oval veya silindirik Şeker bulunan habitatlarda sık bulunurlar Optimum pH 4.5-5.0 47 ˚C üzerinde ve 0 °C altında faaliyet gösteremezler Aerobik ve anaerobik ortamlarda yaşayabilirler Bitki ve hayvanlarda parazit olabilirler Alkol fermentasyonu, ekmek yapımı, yağların, proteinlerin ve B kompleks vitaminlerin yapımında kullanılırlar Çok kısa sürede çoğalabilen en basit ökaryottur ve bu nedenle moleküler biyolojide önemli rolleri vardır.

Doğada, toprakta ve çürümüş bitkiler üzerinde yaygın olarak bulunurlar. Aspergillus türleri, genellikle laboratuarlarda bulaşmalara neden olurlar. Klinik örneklerden patojen olarak en sık soyutlanan A.fumigatus, A.flavus ve A.niger’dir. Aspergillus türleri termotolerandır. İnvazif enfeksiyonlarda en sık soyutlanan A.fumigatus 45 derecede iyi ürer. Aspergillus türlerinin konidiyumları tek hücreli, kuru ve hidrofobiktir. Bu özellikleri nedeni ile kolaylıkla inhale edilirler. Her besiyerinde kolonileri hızla gelişir. Aspergillus türlerinin birbirinden ayrımı koloni ve mikroskop görünümlerine göre yapılır. Aspergillus kolonileri kadifemsi veya pamuğumsu örgüdedir. Beyaz, sarı, sarımsı, yeşil ve kahverengi veya siyah renklidirler. Koloni tabanı beyaz, sarı veya sarımsıdır. Mikroskobik görünümde; Aspergillus türlerinin hifleri bölmeli, bir taban hücresi üzerine oturmuş düzgün kenarlı ve dik konidiyoforları; apikalde genişleme yaprak ve dallanma göstermeyen yapısı ile hemen dikkati çeker.

DNA nın temel bileşenleri: 1.Pürin ve pirimidin bazları 2.Pentoz şeker (deoksiriboz) 3.Fosfat molekülü (H3PO4)

Tipik bir prokaryotik genom tek bir kovalent bağlı, kapalı dairesel DNA formunda sitoplazmada yer alır Ökaryotik genom çok sayıda doğrusal DNA parçaları halinde kromozomlar olarak hücre çekirdeğinde bulunur Prokaryotlar da kromozomu sitoplazmadan ayıran bir zar yoktur Ökaryotlarda kromozomlar nükleus içinde ribozomlar sitoplazmada bulunur. Bu nedenle transkripsiyon ve translasyon ayrı yerlerde olur

Bakterilerde DNA hücre kuru ağırlığının yaklaşık %2-3 ünü oluşturur ve mikrorganizma türüne göre değişmekle beraber 0,01pg (1pg=10 -12 g) ağırlıkta olabilir. DNA’nın molekül ağırlığı örn. B. subtilis’de 3,9×109Dalton, E.coli’de 2,6×109 Daltondur (1 Dalton= 1,67×10-24 g). DNA’nın uzunluğu E.coli’de 1,1-1,5 mm kadardır ve 4×106 nükleotid çiftinden oluşur. Bu uzunluk E.coli’nin 500 katı kadardır. Günümüze dek yaklaşık 100 prokaryotik genomun gen dizilişi tamamıyla ortaya çıkarılmıştır.

İkisi de mayalanarak elde edilir, bunun dışında probiyotik yoğurtlarda bağırsak florasını düzenleyen laktik asit bakterilerinin miktarı daha fazladır. Bir ürünün probiyotik olarak adlandırılabilmesi için, bilinen yoğurt mayaları ile birlikte bir veya daha fazla probiyotik kültür de içermesi gerekmektedir (ör: Lactobacillus bulgaricus, Streptococcus thermophilus, Acti regularis, vb). Bu mayaların vücudumuzda faydalı etkiler gösterebilmeleri için, bağırsaklara canlı olarak ulaşmaları gerekmektedir. Mayalı yoğurt üretilirken Streptococcus thermophilus ve Lactobacillus bulgaricus karışık kültürü kullanılır. Probiyotik yoğurt yapımı sırasında ise bu mikroorganizmaların yanı sıra diğer laktobasiller, bifidobakterler ve enterokoklar yer almalıdır. Örneğin L. acidophilus ve bifidobakterler, enzimlerin aktimikrobiyal etkisine, asit ortama ve yüzey gerilimine diğer probiyotiklere kıyasla daha dirençli olduklarından fermente süt ürünlerinde daha çok tercih edilirler. Bazı mayalar da probiyotik yapımında kullanılabilir ki bunlar da Saccharomyces cerevisiae,Candida torulopsis Saccharomyces boulardii’dir. Probiyotikler bağırsak mikroflorasını, mayalı yoğurda göre daha çok kapsar.

Dondurup-çözme işlemleri virüslerin enfektivitesini olumsuz yönde etkileyebilir. Zarflı virüslerin (-196) °C gibi aşırı düşük derecelerde muhafaza edilmesi sırasında zarf bütünlüğünü koruyabilmek amacıyla mutlaka dayanıklılık arttırıcfı maddeler ilave edilmelidir. Özellikle paramyxoviruslar teflhis materyallerinin dondurularak nakledilmesinden olumsuz etkilenmektedir.

Louis Pasteur’ü tüm dünyada üne kavuşturan çalışmayı biliyor musunuz? Fransız bilim adamı Louis Pasteur kuduz hastalığına ilişkin çalışmalarıyla dünya bilim literatürüne adını yazdırmıştır.Pasteur bu çalışmasında kuduz virüsünü tavşanlarda üretip elde ettiği materyalleri tekrar tavşanlara vererek birkaç basamak sonra virusun hastalık oluşturma gücünün azalmasını sağlamış ve böylece elde ettiği zayıflatılmış virüsü insanlarda koruyucu amaçla aşı olarak kullanabilmiştir. Bu şekilde hastalık etkenlerinin farklı canlılarda, hücre kültürleri veya denek hayvanlarında üretilerek zayıflatılmasına attenüasyon adı verilir. Attenüasyon günümüzde de aşı hazırlamada kullanılan yöntemlerden birisidir.

Anaerobik canlılardaki oksijenin toksik etkisinin nedeni, oksijenden kaynaklanan bazı reaktif türlerin biyolojik molekülleri oksitlemeleri ve bu reaktif türlere karşı anaerobik canlılarda savunma sisteminin bulunmamasıdır. Oksijen sadece anaerobik türlerde değil, yaşamları için mutlaka moleküler oksijene bağımlı olan canlılarda da toksik etkilidir.

Bağırsakta yaşayan bakterilerin %99’dan fazlası anaerobtur ; ama çekumda(kalın bağırsağın ilk bölümü) aerobik bakterilerin yoğunluğu yüksektir.Bu bölgedeki az da olsa oksijen varlığı onların yaşamasına ortam oluşturur.

Zehirli atıklara karşı mücadele sistemi.Tehlikeli maddeleri zararsız ya da daha az zararlı maddelere parçalamak için mikroorganizmaların kullanıldığı , uzun süreli arıtım süreçleridir.

İnce, çok kıvrımlı , ancak karanlık sahada görülebilen, uçları kıvrık spiroketlerdir. Farelerin idrarı ile kirlenmiş sularda, kanalizasyonda yaşayabilir ve insana bulaşma bu sularla temas ile gerçekleşir. İnsanda hastalık oluşturan en önemli tür L. interrogans olarak kabul edilmekte diğer türler bunun serovarları olarak anılmaktadır. Anikterik form grip gibi başlar, ateş, miyalji, frontal baş ağrısı, karın ağrısı ile devam eder (bataklık humması, yedi gün humması) . İkterik form (Weil hastalığı), sıklıkla icterhaemorrhagiae serovarı ile oluşur. Akut hepatit kliniğinde nötrofilik lökositoz varlığında CPK artışında akla gelmelidir. Tanı leptospiraların karanlık sahada görülmesi, kültürleri ama çoğu kez serolojik olarak konulur. Mikroaglütinasyon (MAT) en sık kullanılan testtir. Tedavide seçkin ilaç penisilindir. Hafif olgularda ampisilin, doksisiklin kullanılabilir.

Tek sarmallı, (-) sarmallı bir RNA virusudur ve defektif bir virustur. RNA yapısı viroidlerdeki gibi kendi kendine kırılma ve bağlanma yeteneğine sahiptir (ribozim fonksiyonu) . Viroidlerden farklı olarak bir protein (delta antijeni) kodlayabilir. HBV olmadan replike olamaz (TUS). Dolaşıma HBs Ag den oluşan bir zarf içine girerek katılır.

Plazmidler bakteri içersinde kromozom DNAsından bağımsız olarak kendi kendine çoğalabilen, çift zincirli, halkasal ekstra DNA molekülleridir. Plazmidler doğal olarak tüm bakterilerde bulunur ve taşıdığı genlerle bakteriye bazı ekstra özellikler kazandırır. Örneğin, bazı bakteri plazmidleri antibiyotikleri inaktifleştiren enzimler kodlar. Plazmitler klonlama çalışmalarında kullanılmak üzere değiştirilerek az önce bahsettiğimiz özellikler kazandırılır. Plazmid vektörler 5-10kb büyüklüğündeki DNA parçalarının klonlanmasında etkin şekilde kullanılabilirler. Doğal plazmidlerden türetilerek kullanılan en yaygın plazmidler pBR322 ve pUC (pUC18, 19) vektörleridir.

Epitel hücrelerinin serbest yüzeylerinde bulunan sitoplazmik uzantılardır ve birçok epitel hücresinde bulunur. Mikrovilluslar elektron mikroskobunda incelendiği zaman farklı görünüşte olabilirler. Sayısı ve şekilleri bu yapılara sahip hücrelerin absorpsiyon özellikleri ile doğru orantılıdır. Sıvı materyal taşıyan epitel hücreleri oldukça sıkı dizilmiş ve uzun boylu mikrovilluslara sahiptir. Buna karşılık absorbsiyon ve daha başka görevleri olan epitel hücrelerin de ise daha kısa ve daha düzenli mikrovilluslar bulunur. Sıvı taşıyan epitel hücrelere örnek olarak bağırsak ve böbreği verebiliriz. Bu iki farklı doku epitelinin farklı mikrovillus düzeni olup ışık mikroskobu ile gözlemek mümkündür. Bağırsakta absorbsiyon yapan epitel hücreleri için çizgili kenar böbreğin aynı görevi yapan hücrelerindeki mikrovilluslar için fırçamsı kenar ifadeleri kullanılır. Bağırsak epitelindeki mikrovilluslar böbrek epiteline göre daha düzenli ve tek bir yapıya sahiptir. Mikrovillus içinde aktin denilen ve uçta plazma zarına tutunmuş olan mikrofilamentler bulunur. Göbek bağı denilen bu filamentler mikrovillusun altında bulunan ve terminal web denilen filament ağına bağlanır. Aktin filamentleri mikrovillusun dik ve birbirine paralel durmasına yardımcı olduğu gibi aynı zamanda kasılmalara neden olarak absorbsyionu kolaylaştırır. Aktin filamenti diğer epitel hücrelerinin mikrovilluslarında da vardır. Ancak fazla gelişmiş değildir. Mikrovillus içinde aktin filamentleri, mikrovillusun ucunda ise şapka şeklinde olan ve filamentleri bir arada tutan cap proteini bulunur. Ayrıca filamentleri hem birbirine bağlayan villin ve fimbrinproteinleri hem de filamentleri mikrovillusun zarına bağlayan miyozin I gibi proteinler vardır. Mikrovillus içinde paralel sıralanmış aktin filamentleri sitoplazma da terminal Web’e bağlanarak dik kalmaları sağlanmış olur.

Hawai Üniversitesi’nden Rebecca Cann, 6 milyon yıl önce , ada benzeri bir yerde izole kalmış primat grubunun üremesini ve insan türünün ortaya çıkmasını sağlayan dişiye Mitokondriyel Havva adını takmıştır.Ayrıca mitokondrilerin ortak atadan değişikliğe uğramadan aktarıldığı görüşü de bulunmaktadır.

Özgün bir çoğalma yöntemine sahip olan, enerji üretimi ve yapı taşlarının sentezi için gerekli organelleri bulunmayan, tek tip nükleik asit taşıyan, temel olarak nükleik asit ve bunu çevreleyen protein kılıfından oluşan oluflan enfeksiyöz etkenlerdir.

Proteinler virus yapısında oldukça önemli görevler üstlenirler. Viral proteinleri virionun morfolojik oluşumuna katılan yapısal proteinler ve daha çok virus çoğalma siklusunda görev alan yapısal olmayan proteinler olarak ayımak mümkündür. Yapısal olmayan proteinlerin bir kısmı virion yapısında yer alırken büyük bir kısmı virus çoğalması sürecinde sentezlenir.

Viruslerin yapısında sınırlı sayıda enzim bulunmaktadır. Virion içinde bulunan enzimlere örnek olarak retroviruslarda bulunan viral RNA bağımlı DNA polimeraz enzimi gösterilebilir. Reverz tranzkriptaz olarak da bilinen bu enzim RNA yapısındaki retrovirus nükleik asitinin DNA’ya dönüştürülerek çoğalmasına olanak sağlar. Ayrıca değişiklik virus gruplarında DNA bağımlı RNA polimeraz, integraz, proteaz vb enzimler bulunabilmektedir.

Virüslerin büyüklükleri birim olarak nanometre (1 nm=10-9 m) cinsinden ifade edilmektedir. Viruslar genel olarak 17-300 nm arasında değişen büyüklüklere sahiptirler. Hayvan virüsleri arasında bilinen en küçük boyuta sahip virus partikülü circoviruslara aittir ve 17 nm çapındadır. En büyük virus partikülü ise poxviruslarda (200×300 nm) bulunmaktadır.

Viral zarf helikal simetrili hayvan virüslerinin tamamında, kübik simetrili virüslerin ise bir bölümünde bulunur. Viral zarfın yapısında bulunan proteinler glikozillenmiş (glikoz molekülü içeren) proteinlerdir. Bu tip proteinlere zarf glikoproteinleri veya yüzey glikoproteinleri adı verilir.

En basit yapı simetrisi olan helikal simetride virion silindirik bir görünüme sahiptir. Kapsomerler bir eksen etrafında dönecek flekilde nükleik asitin üzerinde ardı ardına dizilerek kapsidi oluşturur. Böylece merkezde nükleik asit etrafında ise kapsidin bulunduğu iki ucu açık boru şeklinde bir nükleokapsid şekillenir. Helikal simetrili virüslerin tamamı RNA genomuna ve zarflı viriona sahiptir. Helikal simetrili viruslarda virion bir veya birkaç nükleokapsidin viral zarf ile çevrelenmesiyle oluşur. Helikal simetrili viruslar genel olarak değişken virion görünümüne sahiptir (pleomorfik görünüm). Helikal simetri morfolojisi için gösterilebilecek en tipik örnek tütün mozaik virusudur.