MehmetEmin

@Biyolokum Teşekkür ederim emin olun çok geniş bir konuymuş hala sizden bir yazı bekliyorum.

KOZMETİK TOKSİSİTESİ 1-Ftalatlar Ftalat maddesi, plastik içeriğini yumuşatmak için kullanılan bir kimyasaldır. Özellikle; Oje, parfüm, losyon ve saç spreylerinin üretiminde ftalatlar kullanılır. Kozmetik endüstrisinde ftalatların yalnızca yüksek dozlarda alınması zararlıdır. Ancak, kozmetik ürünler sürekli kullanıldığı için düşük miktarda alınsa bile son derece tehlikelidir. Ftalat'ın moleküler yapısı Ftalatların endokrin bozucu özelliği vardır. Bu maddeye sürekli maruz kalanlarda doğum kusurları, erken ergenlik, diğer üreme ve gelişimsel bozukluklar, insülin direnci ve hatta kansere neden olabilecek hormonal karışıklar görülebilir. 2009 yılında Çevre Sağlığı Perspektifler Dergisinde yayınlanan bir çalışmaya göre, hamilelik sırasında, annelerin kuaförlerde, saç spreylerinden yada dışarıda maruz kaldıkları ftalatlar sonucunda erken doğumu tetiklediği tespit edilmiştir. 2. Hidrokinon Hidrokinon genel olarak kremler, ağartma maddeleri, nemlendiriciler ve temizleyiciler gibi deri parlatma ve ağartma ürünlerinin yapımında kullanılan bir maddedir. Aynı zamanda saç kremleri ve tırnak kaplama ürünlerinde de kullanılan ve cilt beyazlatma yetenekleri olan yüz temizleyicilerde ve nemlendiriciler de bulunabilir. Hidrokinon Moleküler Yapısı Avrupa Birliği, bu kimyasalı yasaklamıştır. 2006 yılında avrupa denetim birimi hidrokinon maddesinin potansiyel kanserojen etkisinin olduğunu duyurmuştur. Şu anda, Avrupada sıkı denetim altında kullandırılan hidrokinon maddesinin, %2 oranında kullanımına izin verilmektedir. Hidrokinon ciltteki melanin üretimini azaltarak cildin güneşin zararlı UV-A ve UV-B ışınlarına karşı savunmasını kırar. Bu da normal olarak cilt kanseri riskini artırır. 2012 yılında Hint Dergisinde yayınlanan bir araştırmaya göre, bir kaç yıl boyunca düzenli olarak yüzde 2-5 oranında hidrokinon içeren güzellik maddesi kullanan 50 yaşındaki bir kadının kalın ve renkli mavimsi-gri hale gelen cilt ile karakterize edilen nadir bir hastalık olan okronozis gelişmiştir. Okronozis Hastası Hintli Kadın 3. Triklosan Triklosan antibakteriyel madde ve koruyucu madde olarak kullanılan bir kimyasal maddedir. Yaygın antibakteriyel sabun ve temizleyicilerde, el dezenfektanlarında, deodorant ve ter önleyici ürünlerde bulunur. Triklosan Moleküler Yapısı 2006 yılında Mikrobiyal İlaç Direnci Dergisinde yayınlanan araştırmaya göre, triklosan içeren ürünlerin düzenli kullanımı, zaman içinde antibakteriyel etkiler zararlı bağırsak ve cilt bakterilerinin dirençli bir hal almasına neden olur. Bu uzun vadeli kullanım bakteriyel enfeksiyonların bağışıklık güvenliğini aşmasına ve bireyleri sayısız hastalıklara karşı duyarlı hale getirebilir. Triklosan; Klorla birleştiğinde kloroform gibi kanserojen maddelerin oluşmasına, Bakterilerin antibiyotiklere karşı direnç kazanmasına, Hormon dengesinin bozulmasına, Çocuklarda alerji ve egzama oluşması gibi durumlara sebep olur. 4.Formaldehit Formaldehit genellikle oje, ruj, saç boyaları, şampuanlar, klimalar, bebek sıvı sabunları, vücut yıkama ürünleri ve göz farlarında kullanılan bir koruyucudur. Formaldehit Moleküler Yapısı Uluslararası Kanser Araştırmaları Ajansının verilerine göre formaldehitin özellikle nazofarenks kanseri olmak üzere bir çok kansere neden olduğuna dair yeterli kanıt vardır. 2004 tarihli “Epidemiology American Journal” da yayımlanan bir çalışmada, formaldehite uzun süre maruz kalan işçilerin kansere yakalanma olasılığı oldukça yüksek olduğu bildirildi. 5.Trifenil fosfat Trifenil fosfat tırnaklarınız için kullandığınız ojenin daha uzun süre bozulmadan kalması için kullanılan kimyasal bir maddedir. Bu zararlı maddeye maruz kalanlarda üreme bozuklukları, metabolizma bozukluğu çeşitli gelişimsel bozukluklar meydana gelir. Hatta bu madde kısırlığa bile neden olabilir. Trifenil Fosfat Moleküler Yapısı 2015 yılında yapılan bir araştırma çerçevesinde %0,97 oranında TPHP içeren ojeyi süren kişilerden idrar numuneleri alındı. Tırnaklar boyandıktan sonra TPHP maddesinin 10 ile 14 saat sonra 7 kat arttığı gözlemlendi. Bu araştırma TPHP’nin vücudumuza deri yoluyla girdiğini kanıtlıyor. Bu madde fetusun gelişimini olumsuz etkileyebileceği için anne adaylarının oje kullanmaları tavsiye edilmez. Ayrıca kuaför salonlarında çalışan ve sürekli tırnak ojeleri ile çalışan insanlarda yüksek risk grubundadır. 6.Koku Parfüm, deodorant, kolonya, losyonlar, kozmetik ve diğer birçok güzellik ürünleri çeşitli çekici kokular içerir. Gerçekte koku, sayısız sentetik kimyasalların doğal özlerinin karmaşık bir karışımıdır. Kozmetik ürünlerinin içine koyulan yapay kokular, cilt alerjilerine ve solunum problemlerine yol açabilir. 7.Kömür Katranı Kömür katranı kalıcı saç boyalarında bulunan bir kimyasaldır. Bu boyalar da saç gövdesinde önemli kimyasal değişiklikleri uyararak uzun süre istenilen renkte kalmasını sağlar. Saç boyasına maruz kalan cilt dolayısıyla bu kimyasalı absorbe eder.Özellikle erken yaşta saçları ağaranlar bu tür boyaları sürekli kullanır. Bu tekrarlar da kimyasal tehdidine yol açar. Son zamanlarda gelişmekte olan ülkelerde, önemli ölçüde ve sonucu ölüm olabilen saç boyası zehirlenmeleri görülmeye başlandı. 2009 yılında Acil Durumlar, Travma ve Şok Dergisinde yayımlanan bir araştırmaya göre kömür katranının rabdomiyoliz (kas hücrelerinin yıkımını), laringeal ödem (nefes engelleyen bir alerjik reaksiyon) ve böbrek yetmezliğine sebep olabileceği belirtilmiştir. 8.Toluen Toluen tırnak boyası ve tırnak boya sökücüler de bulunan zehirli bir maddedir. Tırnaklar bu kimyasal ile kaplandıktan sonra pürüzsüz ve parlak bir hal alır. Bu madde ayrıca bazı saç boyalarında da bulunmaktadır. Toluen vücuda genellikle solunum yolu ile giren bir maddedir. Toluenin Moleküler Yapısı Bu ürüne maruz kalanlarda baş ağrısı, yorgunluk, bulantı, baş dönmesi ve deri tahriş olabilir. Sanayi işçileri gibi bu maddeye uzun süre maruz kalanlarda hafıza kaybı, iştah kaybı ve koordinasyon yeteneklerinde kayıp gözlemlenmiştir. Aynı zamanda düzenli soluma yoluyla alınmasında üreme bozukluklarına ve solunum problemlerine neden olabilir. Uzun süre toluen maddesine maruz kalan hamile kadınların çocuklarının merkezi sinir sistemi, kas ve dikkat eksikliği bozukluğu, gelişme ve öğrenme güçlüğü riskiyle karşılaştığı ispatlanmıştır. 9. Parabenler Parabenler metilparaben (MP), propilparaben (PB) ve butilparaben (BP) şeklinde bulunabilir. Parabenlere jellerde, nemlendiricilerde, topikal ilaçlarda, bronzlaşma spreylerinde, tıraş kozmetiklerinde, güneş kremlerinde, şampuanlarda, diş macunlarında oldukça sık rastlanılır. Bu kimyasallar potansiyel endokrin bozucular ve üreme toksisitesi, immünotoksisite ve nörotoksisite ile bağlantılıdır.Ayrıca cilde sürülen parabenler güneşin zararlı UV ışınları ile reaksiyona girerek hücre ölümlerine, DNA hasarına ve bunun sonucunda cilt yaşlanmasına neden olabilir. 2008 yılında Toksikoloji Kimya Araştırma Dergisi’nde yayınlan bir çalışmada parabenler ve kanser arasında doğrudan bir bağlantı kurulmuştur. 2004 yılında Uygulamalı Toksikoloji Dergisi’nde yayınlanan bir araştırmaya göre içerisinde yüzde 62 oranında paraben içeren ürün kullanan kadınlarda göğüs tümörlerine rastlanmıştır. Ayrıca parabenler bazı kişilerde paraben alerjisi olarak bilinen kaşıntı, kızarıklık ve yanmaları da tetikleyebilir. Paraben Moleküler Yapısı 10. Sodyum Laureth Sülfat/Sodyum Lauryl Sülfat Kozmetik malzemelerinde sıklıkla kullanılan yüzey aktifler Sodyum Lauril Sülfat(SLS) ve Sodyum Lauret Sülfat(SLES) tır. Bu içerikler palm veya hindistancevizi yağı gibi doğal kaynaklardan elde edilmezler. Sülfürük trioksit ve klorosülfürük asitten oluşturulurlar. Cilt üzerinde enfeksiyonlara ve döküntülere neden olan SLS ve SLES’nin birçok ürünün içeriğinde kullanımı yasaklanmakla birlikte, tüm ticari şampuanlarda, özellikle cilt kremleri ve diş macunları gibi diğer birçok sağlık ve güzellik maddelerinin büyük çoğunluğunun içeriğinde bulunmaktadır. Birçok kozmetik ürünün içeriğinde bulunan ve vücuda uygulandığında kan dolaşımı yoluyla dokulara geçen SLS/SLES, buradan kalbe, karaciğere, akciğerlere, beyine ve gözlere yayılır. Vücudumuzdaki dokularda uzun süre kalan SLS/SLES, kanser, hormonların dengesinin bozulması, göz bozulması, saç dökülmesi, aşırı cilt hassasiyeti ve ciltte kurumalara neden olmaktadır. 11.Kohl Taşı Kajal, antik zamanlardan beri kullanılan kohl taşından yapılmış popüler bir göz ürünüdür. Ancak galen, zincit ve manyetit gibi kimyasal maddeler içerdiğinden dolayı bu kimyasallara uzun süre maruz kalma, kurşun seviyesini artırabilir ve kemik iliği ile beyin fonksiyonlarını etkileyebilir, bunun yanında anemi ve havaleye neden olabilir.

İKİ CEPHALAPODUN SAVAŞI (Kraken Savaşı) Geçtiğimiz hafta sonu derin denizlerde çalışan araştırmacılar ilginç ve eğlenceli görüntüler kaydetti. Ulusal Okyanus ve Atmosfer İdaresi'nden bilim adamları Meksika Körfezi'nin en derin kısımlarındaki keşfedilmemiş suları keşfetmek için geçtiğimiz günlerde bir gezi düzenlediler. Geri getirdikleri ilginç görüntüler basında büyük ilgi gördü. Geçen hafta, NOAA'nın batıklarından biri de, Körfez yüzeyinin 5.900 feet'inden daha aşağıda bulunan deniz tabanında büyük bir ahtapotla karşılaşıldı. Bilim adamları ahtapotu tanımlanamayan bir gemi enkazına kadar izlediler ve gördükleri şeyler onları şoke etti: Ahtapot enkazın tahtaları altında başka bir ahtapotla savaşıyordu. Kısa bir sürtüşmeden sonra - savaş sahnesi etrafında sallanan dokungaçlar ve tortu karmaşasında ilk saldıran ahtopotun kaçtığı gözlendi. Bilim adamları, efsanevi gözlerden uzak deniz canavarının savaşına "Kraken saldırısı" adını verdiler ve NOAA'nın web sitesinde, batıkların tahtaları altında yer alan bu savaşı ilginç görüntüler kategorisinde paylaştılar. VİDEO LİNK; ScienceAlert

Yeni Bulunan Virüs Beyin Tümörüne Saldırıyor! Çalışmasının asıl konusu virüsün beyin kan bariyerini geçip tümöre spesifik saldırı gerçekleştirebilme yeteneğini ölçmek üzerineydi. Ancak araştırmacılar daha fazlasını elde ettiler, virüs kanserli dokuya saldırmakla kalmıyor aynı zamanda vücudun immün sistemini o bölgeye çekerek tümör ile savaşta önemli bir adım daha kaydedildi. Farelerle yapılan klinik öncesi deneyler gösterdi ki doğal olarak meydana gelen bu virüsün diğer tedavilerle birlikte kullanılabileceği ayrıca yeni bir kanser tedavisi içinde oldukça iyi bir potansiyele sahip olduğu gözlendi. Kullandıkları virüs, daha önce kanser tedavisi potansiyeli gösteren, onkolitik bir virüs olarak bilinen bir virüsdür. Bu virüs memeli ortovirüs tip 3 olarak adlandırıl. RNA virüsleri ailesine aittir. Öncelikle hedefini tümör hücrelerinin oluşturduğu ve sağlıklı hücrelere ise gözle görülür bir zarar vermediği saptanmış. Daha önce deneyler yapılarak mekanizma anlaşılmıştır. Ancak bu mekanizmayı beyin tümörü üzerinde ilk kez Leeds Üniversitesi araştırmacıları gösterilmiştir. Çalışmada bu adım çok önemli bulunmuştur. Çünkü reovirüslerin beyini patojenlere karşı koruyan kan-beyin bariyerini geçemeyecekleri düşünülmekteydi. Yazar Adel Samson diyor ki; ‘’İlk kez bir terapötik virüsün kan-beyin bariyerini geçebileciğinin gösterilmesi, daha agresif seyir gösteren veya nüks eden beyin tümörlerinin bu yolla ve immünterapi ile tedavi edilebileceğini göstermiştir.’’ Dokuz hasta, tek doz intravenöz damla yoluyla virüs ile enjekte edilmek üzere seçildi. Hepsi ya vücudun diğer bölgelerine yayılmış beyin tümörlerine ya da hızlı büyüyen gliomalara sahipti - tedavi edilmesi güç olan ve kötü prognoza sahip bir beyin tümörü söz konusuydu. Tüm denekler için reovirüs tedavisi uygulandu ve bunu takip eden günlerde cerrahi operasyon ile beyin tümörlerinin çıkarılması planlandı. Araştırmacılar, hastalardan aldıkları reovirüsü tedavisi uygulanmış beyin tümörü örneklerini, sadece cerrahi tedavi almış hastaların beyin tümörü ile karşılaştırdılar. Araştırmacılar virüsün, deneme hastalarının tümör örneklerinde bulunduğunu ve virüsün kansere ulaştığını açıkça gösterdi. Ama ayrıca dokuda yüksek miktarda interferon molekülüne ve immün sistem proteinlerine rastlandı. Ekip, bu interferonların tümörle savaşmak için bölgeye beyaz kan hücrelerini çektiğini ifade ediyor. Alan Melcher diyor ki; ‘’ Bizim immün sistemimiz kanser hücrelerini tanımakta güçlük çeker. Çünkü kanser hücreleri kendilerini bir miktar normal doku hücrelerine benzetirler ve bu şekilde kısmen immün ataktan kaçarlar ve göz ardı edilebilirler. Ama biz burada virüs yardımıyla immün sistemi kanserli dokuya yönlendirebildik.’’ ‘’bizim bu çalışmamızdaki temel amacımız reovirüs ile beyindeki kanserli dokuyu enfekte etmek. Ve en önemli kısmı reovirüs ile enfekte edilmiş beyin tümöründe gözle görülür bir immün sistem aktivitesi oluştuğu gözlenmiş.’’ Bu bulgular, kemoterapi ve radyoterapiye ek olarak hastalara reovirüs tedavisi verildiği bir klinik denemede halihazırda uygulanmaktadır. Bir hastanın tedavisi zaten devam ediyor - glioblastomunu tedavi etmek için 16 doz reovirüs verildi. Çoklu dozlar verilmesinin nedeni virüsün bağışıklık sistemini harekete geçirme şeklidir. Bu klinik çalışma, kanserin grip benzeri yan etkiler yarattığından ve standart tedavileri daha etkili hale getirip getirmediğinden kanser hastalarının tedaviyi ne kadar iyi tolere edebileceğini belirleyecektir. "Umudumuz, virüsün vücudun tümöre karşı bağışıklık yanıtını arttırmaya yönelik ek etkisinin, standart tedavi, radyoterapi ve kemoterapi ile öldürülen tümör hücrelerinin miktarını arttıracağıdır." KAYNAK: ScienceAlert (Direkt ingilizce aslından çeviri olduğu için bazı devrik cümleler oluşmuş olabilir.)

@Biyoloji Günlüğü Sisteme slayt girişleri yapıcam. O şekilde daha iyi olacağını düşünüyorum

@m-sc-10 @Biyoloji Günlüğü Teşekkürler demek ki neymiş bilmediğimiz konularda yazmıyormuşuz Elimdeki ders notlarından toparlama bilgilerdi. Yanlışlık olması çok doğal.

Önsöz: Biyoteknoloji çalışmalarında önemli bir yeri olan mayalar biz biyologlar içinde büyük bir araştırma ve çalışma konusu teşkil etmektedirler. MAYA Mayalar; tek hücreli, vejetatif çoğalmalarını tomurcuklanma ve ikiye bölünme şeklinde gerçekleştiren ökaryotik canlılardır. Dıştan içe hücre zarı, sitoplazma, organeller ve çekirdekten meydana gelen mayaların hücre duvarı çoğunlukla ''glukan-mannan'' dan oluşmaktadır. Eşeyli çoğalan türleri'de bulunur ve genelde karyogami ve plazmogami'yi tercih ederler. Mayalar yeterli su bulunmayan koşullar altında 13 yıl kadar yaşayabilmektedirler. Mayaların başlıca karbon kaynağını karbohidratlar oluşturmaktadır. Ancak mayalar pentoz şekerlerini fermente edemezler sadece özümleyebilirler. Heksoz şekerlerini ( Glikoz-Fruktoz-Mannoz) hem fermente edebilirler hem de özümleyebilirler. Bazı mayalar ise karbon kaynağı olarak bazı alkollerden ve hidrokarbonlardan yararlanabilirler. Aynı zamanda mayaların bir çoğu beslenmek için hem organik hem de anorganik azot kaynaklarını değerlendirebilirler (aminoasit, amid, amonyak, peptid). Ayrıca ''Amonyum Sülfat'' ve ''Fosfat tuzları'' tüm mayalar için çok iyi birer azot kaynağıdır. ''Fosfor, Potasyum, Magnezyum, Kükürt ve Kalsiyum'' mayalar için makro elementlere, iki değerlikli elementlerden ''Bakır, Çinko, Kobalt'' iz elementlere teşkil eder. Ayrıca Potasyum mayaların karbohidrat metabolizmalarında önemli bir yere sahiptir. Mayalar en iyi 25-30 derece'de en iyi şekilde gelişim gösterirler aynı zamanda güneş ışınlarına 10 sn maruz kalmaları bir maya katliamına sebebiyet verir. Saccharomyces cerevisiae MAYA ENDÜSTRİSİ Maya endüstrisinin hizmet ettiği alanların başında gıda ve içki sektörü gelmektedir. Başlıca üretilen gıdaları ve üretici organizmaları sıralarsak; Ekmek Mayası: Saccharomyces cerevisiae optimum 28-30 derecede yaşar ve fermentasyon çıktıları CO2 ve etil alkoldür. İspirto Mayası : Saccharomyces cerevisiae optimum 25-28 derecede yaşar. Şarap Mayası: Optimum 20 derecede yaşarlar. Şarap mayaları ''glikoz, fruktoz, sakkaroz, maltoz ve rafinoz fermente edebilirler. Aynı zamanda mayalar çok iyi birer protein kaynağı olup, protein miktarları soyaya eştir. Maya özütü'de bu endüstrinin en iyi gelir kapılarından biridir. Maya özütü gıdalarda MSG (monosodyum glutamat) yerine tat ve kıvam verici olarak kullanılır. Maya özütü eldesi ise mayalara labarotuvar koşulları altında otoliz işleminin gerçekleştirilmesi ile elde edilir. Maya özütü eldesin yan ürün olarak glukan, mannan, kitin ve protein oluşur. Mayalardan elde edilen bir diğer ticari öneme sahip ürün ise ''İnvertaz'' enzimidir. Bu enzim mayaların hücre zarı ve hücre duvarı arasında periplazmik boşlukta ihtiva eder. Yine kullanım alanı gıda'da şekerlemecilik ve pasta üretimi içindir. Yine mayalardan elde edilen ''Astaxanthin'' pigmenti boyar madde olarak kimya sektöründe kullanılır. Mayanın en önemli kullanım alanlarından bir diğeri ise ''Ergesterol, İnsülin, İnterferon, Hepatit-B aşısı'' gibi üretimlerin yapıldığı medikal alanlardır. ALT FERMANTASYON : Mayalanma sıcaklığı 8-12 derece civarıdır. Bu yöntemde fermantasyon sona erdikten sonra maya dibe çöker. Mayalanma süresi bu yöntemde uzun ve yavaştır (8-10 gün). Bu yöntem Almanya'da bira sanayisinde kullanılır. ÜST FERMANTASYON: Mayalanma sıcaklığı 18-20 derece, işlem sonunda maya üstte toplanır. Biranın oluşumu 3-6 günde tamamlanır. Bu biranın diğer yöntemle elde edilene göre daha acı ve koyu bir tadı olduğu bildirilmiş. Yoğunlukla İngiltere ve Kuzey Almanya'da bira sanayilerinde kullanılır.

HİSTON PROTEİNLERİ Histonlar, ökaryotik hücrelerin kromatin yapılarında yer almaktadır. Prokaryotlarda histonlara rastlanmaz. Histonların moleküler ağırlığı 11.000 ve 21.000 dalton arasında değişmektedir. Histonlar bazik amino asitler olan arjinin ve lizin bakımından oldukça zengin proteinlerdir. Lizin ve arjinin amino asitleri fizyolojik pH olan 7 civarında protonlanır ve artı (+) yük kazanır. Histon proteini üzerindeki bu + yükler, çift sarmallı DNA üzerinde bulunan negatif yüklerle birleşir ve elektrostatik bir çekim meydana gelir ve DNA-histon kompleksi oluşur. Histon proteinin bölümleri Kompozisyon ve molekül ağırlığı bakımında 5 çeşit histon proteini mevcuttur. Histon H1 %29 oranında lizin ihtiva etmekte ve bu yüzden lizince-zengin histon olarak kabul edilmektedir. H2A ve H2B histonlarına, lizince ve arjinince zengin histonlar adı verilmektedir. Fakat bu tip histonlarda lizin miktarı arjinin miktarından daha fazladır. H3 ve H4 histonları da bol miktarda lizin ve arjinin ihtiva etmektedirler. Fakat bu histonlarda arjinince ( %3-3,5 lizine göre daha fazla) daha zengindir. Ökaryotik canlılarda H3 ve H4 histonları amino asit dizilimi olarak birbirlerine oldukça yakındırlar. Diğerleri ise H1, H2A ve H3B birbirlerine daha az benzerler. Histonlardan her biri farklı yapı göstermektedir. Çünkü onların yapısında bulunan amino asitlerin yan zincirleri yani R grupları enzimatik olarak metile, fosforile ve asetile edilerek modifikasyona uğratılmıştır. Emil SMITH ve De LANGE H4 histonun farklı canlılarda benzer amino asit dizisine sahip olduğunu dana timusu ve çimlenmiş bezelyeden izole edilen histonların karşılaştırılması ile göstermişlerdir. H3 ve H4 histonlarının amino asit dizisinde %1 oranında değişiklik gerektiren periyoda evrimsel ünit periyodu adı verilmektedir. H3 histonunun yapısındaki amino asit dizisinin %1 oranında değişmesi için gerekli zaman 300 milyon yıl, H4 histonunun amino asit dizisinde %1 oranındaki bir değişiklik için ise 600 milyon yıl gerektiği hesaplanmıştır. Bu bilgilerin ışığında H3 ve H4 histonlarının uzun yıllar değişmeden sabit kalması, bu iki histonun ökaryotların ilk evrimselleşmesi döneminde de çok önemli rol oynadığını kuvvetle desteklemektedir. NÜKLEOZOMLAR KROMATİN FİBRİLİ BOYUNCA TEKRAR EDEN ÜNİTELERDİR; Roger KORNBER, 1974 yıllarında, 200 baz çiftinden meydana gelmiş olan kromatinin çift sarmallı bir DNA ile H2A, H2B,H3 ve H4 histonlarının ikişer monomerinin bir araya gelmesi ile oluşan oktomer bir yapının tekrarından ibaret olduğunu önermiştir. Bugün kromatin boyunca tekrar eden bu ünitelere nükleozom adı verilmektedir. Bu oktomerin çapı yaklaşık 100-110 Armstrong 'dur. İki nükleozom arasında H1 histonuna bağlı, organizma türüne ve hücre tipine göre değişen 20-120 nükleotit çiftinden oluşan çift sarmallı düz bir DNA zinciri bulunmaktadır. Örneğinin insan kromatininde iki nükleozom arasında H1 histonu ve 50 nükleotit çiftinden oluşan çift sarmallı düz bir DNA zinciri bulunmaktadır. İki nükleozom arasındaki düz DNA zinciri, kromatinin kolaylıkla eğilip bükülmesini sağlamaktadır. Kromatin lifleri boyunca boncuk tanesi gibi dizilen nükleozom tanecikler, ökaryotik hücrelerde DNA zincirinin boyunun kısalmasını ve iyi bir şekilde paketlenmesini sağlamaktadır. Şüphesiz bu olayda non-histon proteinlerde rol oynamaktadır. Nükleozom Yapısı

Tebrikler güzel bir yazı olmuş. ,

Önsöz; Günümüzün en büyük sorunlarından adaptif immün yetmezlik ve vücudumuzun bu durumdan ötürü çeşitli hastalıklara yakalanması. Bu hastalıklardan biride çağımızın vebası ‘’kanser’’, kanser için belki de bugüne kadar en heyecan verici gelişme kaydedildi. CAR-T hücre tedavisi adını alan ve CRISPR teknolojisi ile geliştirilen bu yöntem bizim savaşçı hücrelerimizi kanserli dokuya hedefliyor. Tedavinin ana dinamiklerine değinerek genel bilgi sahibi olması açısından önemli bir yazı olacağı kanaatindeyim. İyi okumalar… CAR-T Hücre Terapisi Günümüzün hatta birkaç asırdır insanlığın üzerine kara bir leke olarak çökmüş hastalıkların başında gelen kanser hastalığı için umut vadeden bir yöntem keşfedildi. Biliyoruz ki hali hazırda kullanılan Kemoterapi, radyoterapi gibi yöntemler hastada geri dönüşü çok zor olan hasarlar bırakıyor ve yaşam kalitesini tedavi süresince düşürüyorlardır. Bunun yanında bilim insanları son yıllarda nano elemanları kullanarak hedef tedaviler geliştirip nokta atışları yapmaya çalışmışmaktadırlar. İşte bu yöntemlerden en yenisi ve en heyecan vericisi olan Car T hücre tedavisinden bahsedeceğiz. Yakın zamana kadar, CAR T-hücresi tedavisinin kullanımı, ileri kan kanseri olan hastalardaki küçük klinik araştırmalarla sınırlıydı. Ancak bu tedaviler hem araştırmacıların hem de toplumun dikkatini çekti; çünkü diğer tüm tedavilerin durdurulduğu bazı hastalarda (hem çocuklarda hem de yetişkinlerde) ortaya çıkan olağanüstü olumlu sonuçlar nedeniyle. Car-T hücre tedavisinin dünyada önde gelen klinik uygulamalarını yapan New York’taki Memorial Sloan Kettering Kanser Merkezi’den Renier J. Brentjens, M.D., Ph.D.’ı Car-T tedavisi için “hastalara canlı bir ilaç vermekle ” eşdeğerdir dedi. Adından da anlaşılacağı üzere CAR T-hücresi terapisinin omurgası, bağışıklık tepkisinin düzenlenmesindeki kritik rolü ve patojenler tarafından enfekte olmuş hücrelerin öldürülmesi nedeniyle genellikle bağışıklık sisteminin ataşeleri olarak adlandırılan T hücreleridir. Terapi, hastalardan kan çekilmesi ve T hücrelerinin ayrılmasını (İzole edilmesi) gerektirir. Ardından, devredışı bırakılmış bir virüs kullanarak T hücreleri, kimerik antijen reseptörleri veya CAR’lar olarak adlandırılan yüzeylerinde reseptörler üretmek üzere genetik olarak tasarlanır. Son adım CAR T hücrelerinin hastaya verilmesidir (“lenfoterapi” öncesi kemoterapi rejimi öncedir). Her şey planlandığı gibi giderse genetiği değiştirilmiş hücreler, hastanın vücudunda daha da çoğalır ve modifiye edilmiş reseptörlerin rehberliğinde, antijenleri yüzeylerinde barındıran kanser hücrelerini tanıyıp öldürürler. Şekil 1: Car-T Hücre Terapisinin Çalışma Prensibi Zamanla, CAR T hücrelerinin hücre içi değişiklikteki ilerlemeleri, modifiye edilmiş T hücrelerinin hastaya infüzyon sonrasında daha fazla T hücresi üretme (genişleme) ve dolaşımda daha uzun süre hayatta kalma (ısrarlılık) yeteneğini geliştirmiştir. CAR T hücrelerinin bir seri üretilmesinin ne kadar sürdüğü konusunda da gelişmeler oldu. Başlangıçta birkaç hafta sürmesine rağmen, birçok laboratuvar şimdi bu zamanı 7 günden daha kısa bir süreye çekti. Nükseden ’’TÜM’’, çocukluk kanserinin önde gelen ölüm nedenidir. Dr. Grupp, tekrarlayan veya mevcut tedavilere cevap vermeyen TÜM’ lü çocuklarda ve genç yetişkinlerde CAR T hücrelerinin çeşitli denemelerine yol açmıştır. CD19 hedefli CAR T hücrelerini kullanılan daha önceki denemelerden birinde, çalışmada tedavi edilen 30 hastanın 27’sinde tüm kanser bulguları kayboldu (tam bir yanıt verdi) ve bu hastaların birçoğu tedaviden sonra tekrarlama belirtileri göstermiyor . Neticede CAR T hücre tedavisindeki hızlı gelişmeler ve büyüme potansiyeli ilk inananların bile beklentilerini aştı. Şekil 2: Car-T tedavisi Son olarak değinmek isterim ki her tedavi yöntemi gibi Car-T tedavisinin de yan etkileri bulunmaktadır. Örneğin yeni oluşturulan ve vücutta kendi özgül yaşam alanını şekillendiren Car-T hücreleri spesifik dokularda özellikle kanser dokuya karşı immün atak gerçekleştirir ve dokuda oluşabilecek diğer inflamasyonlara karşı bazen tepkisiz kalabiliyor. Zira vücudun kendi lenfositleri o bölgeye hücum ettiği zaman Car-T hücreleri yeni gelen lenfositlere saldırabilmekte ve dokuda ciddi hasarlara sebep olabilmekte. Tabi bu konu artık çözümlenmiş gibi duruyor ancak böyle bir ihtimalde var. Ayrıca üretici firma olan Novartis Car-T tedavisi için yarım milyon dolarlık bir rakam çıkartıyor. Şuan için en iyi yöntem olmasının dışında en pahalısıda diyebiliriz. ( Genetik testlerde cabası)

Çok teşekkürler..

@Muzeyyen Aslına bakarsanız yazıları burada yazmaya çalıştım ancak teknik problemlerden dolayı sayfa kendiliğinden yenileniyor veya kapanıyor. Word üzerinden yazıp buraya kopyalıyorum bundan sonra daha dikkatli olurum bu konuda. Uyarınız için teşekkürler.

Önsöz Uyuşturucu her geçen yıl daha fazla ölüme ve ekonomik kayıp’ a sebep oluyor. Maalesef tedavi ve eğitimler bu sonsuz kötülüğün önünü kesmiyor. Bu etkileri ile ilginç bulduğum kötülüklerin babası 3 uyuşturucu türünü işleyeceğim. UYUŞTURUCU VE DÜNYA Kısa başlıklar şeklinde uyuşturucunun dünyadaki yerine değinelim; • 40.556.956.144 $ Bu yıl uyuşturucuya harcanan para miktarı. • Her 6 uyuşturucu bağımlısından sadece 1’i tedavi oluyor. • Rapora göre, yetişkin nüfusun yaklaşık yüzde 5’i, bir başka deyişle 15-64 yaşları arasında yaklaşık 250 milyon kişinin 2014 yılında en az bir uyuşturucu madde kullandığı bilinmektedir. • En yaygın olarak kullanılan uyuşturucu esrardır. Esrar bağımlılığı 2017 verilerine göre dünya üzerinde 183 milyona ulaştı. • Erkekler kokain, kadınlar sakinleştirici kullanıyor. • Uyuşturucu sebebiyle dünyada her yıl 200 bin kişi hayatını kaybetmektedir. UYUŞTURUCU ÇEŞİTLERİ Bu yazıyı düzenlerken ben etki derecelerine göre ilgimi çeken 3 uyuşturucu türünü konu aldım bunlar ; Extasy, Metamfetamin ve LSD EXTASY • Kolay bulunabilmesi ve yarattığı bir çok farklı etki ile en çok tercih edilen uyuşturucular sırasında 4. olarak yer almaktadır. • Extacy sentetik bir uyuşturucudur. Sentetik denmesinin sebebi; Extacy aslında ilk olarak 1912 yılında ‘çeçe sineği’ ve buna benzer böcekler soktuğunda, hastaları uyku ve halsizlik durumundan kurtarmak amacıyla üretilmiştir. Uzun yıllar sağlık sektöründe kullanılmış ancak daha sonra bağımlılık etkisi keşfedildiğinde ise ilaç sınıfından uyuşturucu sınıfına alınmıştır. Satışı ve imalatı yasaklanmıştır. • 20’nin üzerinde farklı çeşidi bulunmaktadır. Şekil 1: Extasy (İsrail Yıldızı Tipi) • Vücuda alındığı ilk 20 dk içerisinde etkisini göstermeye başlar. 60. dakikada ise extacy etkilerini zirveye taşır. Bu etkiler 4-6 saat sürmektedir. • Beden ısısını normalin üzerine çıkarır. (42°C) • Kan basıncı ve nabız yükselir. • Başlangıcında kullanan kişi kendini umarsız, mutlu ve beden gücü olarak normalden daha güçlü hisseder. • Kullanan kişi kendisini her zamankinden daha cesaretli hisseder. • Sinir sistemini baskılaması sonucunda vücudun aşırı terlemesine ve sıvı kaybının hissedilmemesine yol açmakta. • Doğrudan beyin hücrelerini baskıladığı için, kullanan kişileri psikolojik olarak bağımlı hale getirmektedir. Şekil 2: Extasy'nin Moleküler Yapısı • Extacy çeşitleri içerisinde biri var ki tüm dikkatleri üzerine topluyor. Extacy’ye mutluluk hapı denmesinin sebebi İsrailli bir kimyager tarafından sentezlenen ‘’İsrail Yıldızı’’ türündeki uyuşturucudur. • Uyuşturucuların genel hedefi organizmanın sinir sistemi ve hormonal dengesidir. İsrail yıldızının hedefi ise direkt ‘’seratonin’’ adı verilen ve beyinden salgılanan bir tür nörotransmitter maddedir. (Aslında genel extasy etkisi sayılabilir) • Normal şartlar altında hiçbir etken olmadan vücudumuzdan belli bir miktar seratonin hormonu salgılanmaktadır. Serotonin (5-HT ya da 5-hidroksitriptamin), insanda mutluluk, canlılık ve zindelik hissi veren bir nörotransmitterlerdir. Eksikliğinde depresif, yorgun, sıkılgan bir ruh hali görülür. Çikolata yediğimizde veya bizi mutlu edecek bir olayla karşılaştığımızda serotonin miktarı artar. Üzüldüğümüzde veya patolojik durumlarda azalabilir. İsrail yıldızının yaptığı etki ise şöyle; vücudunuzun depo ettiği ve uygun zamanda salgılamayı beklediği serotonin molekülünün tamamının vücuda verilmesini sağlamaktadır. Bu kişi aşırı bir mutluluk patlaması yaşatmaktadır. Enerjik, cesaretli ve çok hareketli olmalarını sağlar. Ancak maddenin etkisi geçtiğinde kişi tükenmişlik haline giriyor. Enerji ve mutluluktan eser kalmıyor. Ve ilk kullanımdan sonra birey bir daha eskisi gibi asla olamıyor. Çünkü mutlu olmak için artık Extacye ihtiyacı olduğunu düşünmeye başlıyor. Şekil 3: Extasy'nin Çeşitli Formları METAMFETAMİN • Metamfetamin (kristal meth), yapısal olarak amfetamine benzeyen, halüsinasyona neden olan uyarıcı nitelikli sentetik bir maddedir. • Metamfetamin, yani sık kullanılan adıyla “meth” efedrin molekülü hidrojenize edilerek kolay (basit) bir şekilde elde edildiğinden hemen hemen her yerde üretilebilmektedir. • Metamfetamin, halüsinasyona sebep olan, uyarıcı, sentetik nitelikli bir kristaldir ve tüketildiği andan itibaren psikolojik duruma bağlı olarak 6 ila 24 saat arasında etkili olmaktadır. • İlk kullanıldığı anda yüksek enerji, güç ve iyi bir his veren ölümcül madde devamında yoksunluk ve ölümle sonuçlanır. • Diğer uyuşturuculardan kokain ve amfetaminle kıyaslayacak olursak bu maddelere göre üç kat daha etkili bir maddedir. • Kullanımdan bir kaç gün sonra gözle görülür bir şekilde fizyolojik değişim, bir diğer deyişle fizyolojik çöküş kendini göstermektedir. Klinik araştırmalar sonucu ; • Anhedoni (zevk yoksunluğu) meydana gelmektedir. • Kullanımın devam etmesi halinde beynin hücresel değişimi sonucu küçüldüğü gözlemlenmiştir. • Beynin sözel öğrenme kısmında da ciddi gerileme meydana geldiği gözlemlenmiştir. • Metamfetamin kullanan birinin bırakması dahilinde beynin nispeten kendini yenilediği fakat hiçbir zaman eski haline dönemediği görülmüştür. Şekil 4:(Metamfetamin Kullanımında Fizyolojik Çöküş) Metamfetamin alındıktan sonra etkileri; • Vücuda alındığından itibaren etkisi ortalama 12 – 13 saat sürer. • Normal bir insan vücudunun genelde salgılayabildiği dopamin miktarının yaklaşık 6 kat fazlasını hızlıca pompalar. • Ardından kalp atışları hızlanır ve insanların kendilerini hiç hissetmedikleri kadar güçlü, enerjik, deli cesareti denebilecek derecede cesaretli ve güzel hissetmelerine yol açar buda kişilere satmaya çalışanlar tarafından metamfetamin faydaları olarak söylenir ve kişiler cezbedilmeye çalışır. LSD • MAGIC MUSHROOOM (PSİLOSİBİN) • Lysegic Acid Diethylamide’in kısa yazılışıdır. Çavdar küfünde bulunan lysergic asitten üretilen, yarı sentetik ve çok kuvvetli bir uyuşturucudur. • Halüsinojenler sınıfına girmektedir. • Kokoinden 100 kat daha güçlüdür. • En önemli ve tehlikeli özelliği tatsız-kokusuz ve renksiz olmasıdır. • Yarım saat içerisinde etkisini gösterir ve birey 6-36 saat etkiden kurtulamaz. • Yüksek halüsinasyonlar gören bireyler kendilerinin uçabileceğine inanmakta ve normal zamanlarından daha mutsuz bir ruh haline sahiptirler. Dil peltekleşir ve tükürük sıvısı çokça salgılanır. • Daha sonra bireylerde şiddetli baş dönmesi, göz kararması, kusma baş gösterir. Kısmi hafıza kaybı gözlenir. • Bir bardağı 1 milyonluk bir şehri etkisi altına alabilecek oldukça güçlü bir uyuşturucudur. KISACA LSD’NİN KULLANIM ESNASINDAKİ ETKİLERİNİ ÖZETLERSEK; • Algılanan uyaranlar daha şiddetli hissedilir. ( rengin daha parlak algılanması gibi) • Uyaranın kaynağını tespit etmek zorlaşır. (Vücuda dokunan el kendisinin mi yoksa bir başkasının mı ? ) • Geçmiş ve şimdiki zaman birbirine karışır. • Kas koordinasyonu yavaşlar, ağrı algısında azalma olur. Mantıklı düşünme bozulur örneğin uçma girişimleri. • Şiddetli halüsinasyonlara neden olur. • Duygu durumu sık sık değişir, huzursuzluk ve tahammülsüzlük ortaya çıkar. • Bastırılmış anılar yeniden yaşanıyormuş gibi gerçekleşir. • Duyumlar birbirine karışır. ( örn; müzik görülür, renk duyulur ya da hissedilir ) Not: Bu gibi maddeleri kullanan insanların üzerinde yapılan araştırma sonucunda hepsinde ortak olan bir başlama yolu gözlenmiş. Beynin kendini kandırma mekanizmasını devreye geçiren bir harf topluluğu ; ‘’ Bir kez denemekten zarar gelmez’’ Sanılanın aksine neredeyse tüm uyuşturucular daha ilk denemeden itibaren bağımlılık yapar ve fizyolojik, morfolojik, ruhsal ve psikolojik değişikliklere sebep olarak giderek artan dozlarda kullanmanıza sebebiyet veren bir buhran hali oluşur. Nihai sonucu ise kesinlikle ‘’ÖLÜM’’ dür. Kaynakça; MUTLU ÇELİK’İN UYUŞTURUCULAR KİTABINDAN YARARLANILMIŞTIR. GÖRSELLER ANONİMDİR.

Önsöz Solucan gübresi ve üretimi derlemesinin 3. Yayını. Burada kısaca gerekli bir takım belge ve hususlara değineceğiz. Ayrıca doğru solucanı nasıl anlayabileceğinizide aktaracağım. İyi okumalar… SOLUCAN GÜBRESİ ÜRETİMİ İÇİN GEREKLİ BAZI BELGELER VE HUSUSLAR Unutulmalıdır ki, yasalar koşullara ve yeni doğan beklentilere göre sürekli olarak değişebilmektedir. Bu nedenle burada paylaşılanlar ön bilgilendirme amaçlıdır ve zamanla değişkenlik gösterebilir. İştirakçi ilgili kurum ve kuruluşlara başvurusunu yaptığı zaman detaylı tüm bilgileri zaten öğrenecektir. Aşağıda verilen link bu tarz kurumlar ve işletmeler açarken devletin gözettiği esasları konu alan bir mevzuattır. [ http://www.mevzuat.gov.tr/Metin.Aspx?MevzuatKod=3.5.20059207&sourceXmlSearch=&MevzuatIliski=0 ] Yönetmelikte geçen 4 nolu maddeye bu hususta dikkat edilmelidir: “Yetkili idare: Belediye sınırları ve mücavir alanlar dışı ile kanunlarda münhasıran il özel idaresine yetki verilen hususlarda il özel idaresini; büyükşehir belediyesi sınırları ve mücavir alanlar içinde büyükşehir belediyesinin yetkili olduğu konularda büyükşehir belediyesini, bunların dışında kalan hususlarda büyükşehir ilçe veya ilk kademe belediyesini; belediye sınırları ve mücavir alanlar içinde belediyeyi ve organize sanayi bölgesi sınırları içinde organize sanayi bölgesi tüzel kişiliğini,” Buna göre birinci durumda, eğer tesisin kurulacağı yer belediye sınırları içinde olacaksa “İşyeri Açma Ruhsatı” ve “Çalışma Ruhsatı” alınması gerekiyor. İkinci durumda ise, eğer tesisin kurulacağı yer belediye sınırları dışında ise, yani Özel İdareye bağlı bir alanda ise bahsi geçen ruhsatın özel idareden alınması gerekmektedir. Bu genel girişten sonra, iştirakçiye kolaylık olması amacıyla solucan gübresi üretim tesisi kurulumu için yerine getirilmesi gerek-şart olan bazı detayları paylaşalım: Hasip belgesi, İlaçlama sözleşmesi Mikrobiyal analiz sonucu belgelerine ilave olarak ; DOĞRU SOLUCAN TEDARİK ETMEK Belkide bu işin en büyük sorunu olarak solucan sahtekarlığını söyleyebiliriz. Farklı tür ve daha az verimli solucanları ‘’kırmızı kalifornia solucanı’’ adı altında satan ve bu durumdan çok kazanç sağlayan kimseler var. Bu gibi durumlarda dikkat edilmesi gerekilen en önemli hususlara değineceğim. · Solucan tedarik edeceğiniz firmanın bilindik ve önemli işlere imza atmış bir firma olmasına dikkat edin. · Bu firmalardan kesinlikle laboratuvar analizlerini ve gerekli belgelerini göstermelerini talep edin. · Mümkün mertebe gidip satıcıyı ziyaret edin ve samimiyetine dikkat edin. · Sizin tanımlamanız zor olsa da ilk yazımda yazdığım ‘’kırmızı kalifornia solucanı’’ morfolojik özelliklerine dikkat edebilirsiniz. · Eğer solucanı kargo yoluyla aldıysanız ve aldığınız solucanlardan şüphe ediyorsanız Eskişehir Osmangazi Üniversitesine ulaşıp genetik test ile %96 doğruluk payıyla sonuçlarını alabilirsiniz. KAYNAKÇA; http://solucangubresi.web.tr/temel-bilgiler/yasa-ve-yonetmelikler/solucan-gubresi-uretim-tesisi-kurulumu.html

Önsöz Solucan gübresi ile alakalı 2. Yazımda üretim aşamaları, tesis kurmak, maliyet ve Türkiye’deki geleceğine değineceğim. İyi okumalar… (3. yazımda'da Kırmızı kalifornia solucanı tespiti, kurumsal olabilmek için gerekli belge ve izinlere değineceğim) GÜBRENİN ÜRETİMİ & TESİSİN KURULUMU ÜRETİM Solucan gübresi katı(toz) ve sıvı formlarda üretilebilmektedir. Üretimde ilk değinilmesi gereken husus ortam şartlarını stabilizasyonudur. Solucanlar narin canlılar oldukları için ortam sıcaklığının 7 derecenin altına 40 derecenin üzerine çıkmaması (ideal 20 derece),pH ın 7-8 arasında olması,güneşe direkt maruz kalmamaları, yaşadıkları ortamın neminin %80 dolaylarında olması gerekmektedir. İkinci önemli husus ise kompost yani solucanların mamasıdır. Kompost içerisinde %80 büyükbaş hayvan atığı ve %20 organik atık bulunmalıdır. (İlk yazımızda’da değindik) Organik atıklardan en çok tercih edilenleri; yumurta kabuğu,muz kabuğu,çay posası, talaş,kağıt vb. olmalıdır. Meyve atıkları yazın sinek oluşturduğu için pek tercih edilmez. Narenciye asla komposta katılmamalı aksi takdirde kompostun pH değerini düşürüp, solucan katliamına yol açabilir. Solucanların en sevdiği besin maddesi çay ve kahve posalarıdır. Bunların eldesi oldukça basittir çevre kahvehane ve çay ocaklarına bidonlar dağıtılır ve haftalık olarak atıklar toplanır. Bu kompost maddesi kışları 60 yazları 40 gün içerisinde fermante olmaktadır. Fermantede yaklaşık 70 derecede belli bir süre kompost yakılır ve sonra serilir. 15 gün içerisinde hazır olmuş olur. İşin sırrı ‘’kompost kalitesi’’nden geçmektedir ve üzerinde durulması gereken bir konudur. Ticari noktada satış gerçekleştirirken solucan gübresinin kalitesi aşırı önem kazanır. Çünkü bu direkt verime yansır diğer yan sanayi üretim gübrelere göre farkını ortaya koyan firmalar başarılı olmaktadır. Ortam şartları ve kompost bu işin % 80ini oluşturur. Resim 1:Isıl İşlem Cihazı Sıvı solucan gübresinin içerisinde bolca sölom sıvısı ve antimikrobiyal maddeler bulunur. Sıvı solucan gübresinin faydalarından ilki makinalaşmış sistem ile tarlayı hızlıca gübrelemede kolaylık sağlar. İkinci ve önemli özelliği ise böcek kaçırıcı etkisi olmasıdır. Yani çiftçi DDT gibi böcek ilaçlarını kullanacağına organik ve zararsız olan sıvı solucan gübresini kullanmaktadır. Bu şekilde dokuda bu tür ziraai ilaçlar birikmemiş ve çeşitli hastalıklara davetiye çıkarmamış oluruz. Solucanlar nerede barınmakta ? 1. BOX (Kutu) Kutular genellikle solucanın çoğaltılma işleminin gerçekleştirildiği yerlerdir. Ancak tabi ki buradan da önemli miktarda gübre getirisi elde ediyoruz. Örneğin 1,25 metre/ 1,25 metre bir kutu içerisinde 20-22 bin civarı solucan barındırabilir. 3 ayın sonunda bu solucanlar yaklaşık 500 kg lık gübre üretebilirler. Kutuların alt tarafına yerleştirilen musluk ve sistem ile sıvı gübre toplanabilir. Resim 2: Box ( Doğasol/Eskişehir) 2. SAS (Sürekli Akış Sistemi) Bu sistem daha mekanize olmuş bir sistemdir. Genel olarak 12 metre uzunluğa ve 1.5 metre genişliğe sahip olan bu sistem içerisinde 2 milyona yakın solucan barındırabilmekte. Özel bıçak sistemi ile her 15 günde bir kesim yapılır ve gübre hazır hale getirilebilir. Sürekli yukarıdan beslenen solucanlar yukarı doğru ilerler ve alt katmanda kalan solucan gübresi 5 cm şeklinde bloklar halinde kesilir. Kutularda çoğaltılan solucanlardan SAS’lara ekleme yapılabilir. SAS’ların içinden borular yardımıyla ısı taşınabilir. Yani SAS içerisinin iklimlendirilmesi yapılabilir. Üretimde büyük hız ve destek sağlar. Resim 3: SAS (Sürekli Akış Sistemi) (Doğasol/Eskişehir) [Diğer tarafta gözüken sepetlerin içerisinde solucan maması bulunmakta burada amaç solucanları bu sepetlere çekip onları saf şekilde elde etmek. Solucan satışı amacıyla yapılır. ] 3. SERME Bu yöntem pek önerilmeyen ama bilinmesi gereken bir yöntemdir. Önerilmemesinin sebebi solucanların biyolojik olarak dikey hareket etme eğilimdeki canlılar olmasıdır. Ayrıca neme doğru göç ederler çünkü nem olmazsa yaşayamazlar.Burada suni yönlendirme olduğu için solucanlar strese girebilmektedir. Yöntemde yere kompost serilir. Solucanlar üzerine eklenir ve yukarıdan sulama sistemi ile solucanlar yan yan şekilde hareket ettirilir. Bu da ürünün kalitesinin düşmesine sebep olur. Çünkü solucanın doğasına aykırıdır. Önerilen sistem Box ve SAS sistemleridir. Resim 4: Serme Üretim (Argesol/Balıkesir) Bazen gübre içerisine yabancı maddeler karışabilir (Çakıl ,taş, artık vb.) bu gibi durumlar için bir’de sanayi tipi veya inşaatlarda kullanılan elekler alınması gerekir. Resim 5: Elek (özel yapım) (Doğasol/Eskişehir) TESİSİN MALİYETİ v Örneklendirme Balıkesir’de ziyaret edilmiş Argesol firmasından alınan bilgilere göre yapılacaktır. Daha öncede bahsedildiği gibi Box,SAS,Elek gibi sistemlerden bahsedeceğiz. 20 metre/1,5 metre ölçülerinde bir SAS sistemi ortalama 4-4,5 ton gübre üretim kapasitesine sahiptir. Bazı modifiye özellikler ile fiyatı 28.000 TL civarındadır. Başlangıç için bir adet alınması yeterlidir. SAS sistemlerinin fiyatları içerdikleri özelliklere göre 20.000-35.000 TL arasında değişmektedir. Bu gibi malzemeler demir doğrama firmalarından elde edilir. Metrekare hesabı yapıldığında ortalama metrekaresi 650-750TL arasına gelmektedir. Yani boyut azaltılıp daha makul bir seviyeye getirilebilir. Diğer bir husus Box üniteleridir. Minimum ihtiyaç 5 adettir. Box’ların ölçüleri 1.25 metre/1.20 metre olup bu firma dahilinde fiyatı 207 TL + KDV dir. Bu boxlara alternatif olarak da Su tankları örnek verilebilir. Bunların 2.el maliyetleri oldukça ucuzdur. 50-100TL arası ancak bunlar daha sonra gübre eldesi için elverişli değillerdir. Elek sistemleri ise yine bu tip firmalardan yaptırılıp 2500-3000 TL arasında olabilir. Bunun için de yine alternatif, inşaat elekleri bulunmaktadır. Bizim planımız dahilinde 5 Box,1 SAS ve 1 elek sistemi için gerekli alan 250-300 metrekarelik bir kapalı alan gerekmekte. Tabi daha sonra ekstra alana ihtiyaç olacak çünkü sayıları katlanarak artacak. Bu kapalı alanın özellikleri şöyle olmalıdır. Aşırı ısınmamalı,aşırı soğumamalı en direkt şekilde açık alanlardan içeri güneş ışığı girmemeli, rutubet ve nem olmamalı, havalandırma ve iklimlendirme sistemi bulunmalıdır. Kompost ve Solucan gübrelerinin işlemleri için açık bir alana da ihtiyaç duyulmaktadır. NOT: Bu fiyatlar kullanılan çelik malzemeye göre sistemde örneğin çalışan motorun ve bandın gücüne göre değişkenlik gösterir. Ayrıca üretici firma ve sanayii kuruluşlarıda farklı fiyatlar sunmaktadır. TÜRKİYE’DE SOLUCAN GÜBRESİ VE GELECEĞİ Türkiye’de şu sıralar aşırı derece popüler olan bu yeni iş kapısının ülke çapında ve uluslararası çalışan sayılı birkaç firma bulunmakta. En büyük üretimi bu Ege ve Trakya bölgeleri üstlenmekte olup, küçük çaplı üreticeleride unutmamak lazım sayıları her geçen gün artan bu üreticiler’de bu ihtiyaca destek veriyor. Ancak Türkiye genelinde şu an ihtiyacın ancak %10 kadarı karşılanmakta olduğu söyleniyor. Ayrıca hükümetin çıkarttığı kanun ile terör ve diğer etkenler sebebi ile nitratlı gübre kullanımını yasaklamaya çalışmakta buda solucan gübresi satışlarında aşırı bir artışa sebep vermektedir. Gelecekte bu sektörün tarımı ve ülke geleceğini sırtlayacağı düşünülmektedir. Teşekkür: Fotograf-bilgi ve hoşgürülü misafir perver davranışlarından ötürü Doğasol/Eskişehir (http://www.dogasol.com/) ve Argesol/Balıkesir (http://argesol.com/) firmalarına sonsuz şükranlarımı sunmaktayım. Kaynakça; • http://solucangubresi.web.tr/temel-bilgiler/solucan-gubresi-uretim-tesisi-kurulumu-ornek-proje.html (örnek proje) • https://www.youtube.com/watch?v=NtCzS37Tffg (SAS çalışma şekli-video) • https://www.youtube.com/watch?v=APD8kXpMPVQ (SAS dan gübre eldesi-video) • Eskişehir Doğasol Farm dan fotograf ve bilgiler kullanılmıştır. • Balıkesir Argesol firmasından fotograf ve çeşitli bilgilere yer verilmiştir. • solucangubresi.web adresinden çeşitli bilgilere yer verilmiştir.

Önsöz En güncel konulardan biri olan ‘’vermikompost’’ solucan gübresine genel bir şekilde değineceğiz. Diğer bir yazımda’da üretimi-maliyeti ve Türkiye’deki geleceğine parmak basacağım. SOLUCAN GÜBRESİ (VERMİKOMPOST) Son dönemlerin (Türkiye için) en popüler konularından biri olan solucan gübresi, dünyada düşündüğümüz kadar yeni değil. Solucan gübresinin tarihi 4000 yıl önce Çin’de başlamış. Günümüzde ise ABD’de 50 yıl kadar ve İsrail’de 30 yıl kadar bir geçmişe sahip olan bu gübre üretim tekniğinin en büyük müşterilerini ‘’organik’’ sebze ve meyve üretimi gerçekleştiren çiftlikler tercih ediyor. En büyük özelliği içerisinde hiç kimyasal içermemesi ve tamamen organik, doğaya yararlı bir gübre türü olmasıdır. Özellikle ülkelerinde kimyasal gübreye sınırlama getirilmiş çiftçiler ve üreticiler tarafından yoğunlukla tercih ediliyor. Hemen hemen kimyasal gübreyle aynı maaliyete sahip olan solucan gübresinin en büyük sorunsalı saklama koşullarının ve bekleme süresinin biraz sıkıntılı olmasıdır. Bu sistemin kilit taşını kendisi bir laboratuvar ürünü olan ‘’Kırmızı Kalifornia’’ solucanı (Eisenia foetida) oluşturmaktadır. KIRMIZI KALİFORNİA SOLUCANI (Eisenia foetida) Özelliklerine değinecek olursak; Kütlesi 0.24-1.4 gr, kalınlığı 0.5-0.75 cm, uzunluğu ise 2.5-10.5 cm şeklinledir. Minimum 7 derece ve maximum 40 derece bu standartların aşılması durumunda bu canlılara zarar verir. Koyu kırmızı renktedir. Günde ortalama 1 gr yem tüketirler. Güneş ışığına doğrudan maruz kaldıklarında ölürler. Ortalama ömürleri 5-6 yıl kadardır. Yılda ortalama bir solucan 1500 kokon (yumurta) bırakır. Her kokondan ortalama 3-4 yavru çıkar. Uygun koşullarda 2000 adet solucan günde ortalama 1 kg gübre üretir. Solucanlar hermafrodittir. 9-12. boğumları arasında genital organları vardır. Uygun koşullarda 5-7 günde bir ürerler. Kokonlar oval ve limon benzeridir. Erginleştikçe renkleri kahverengine döner. Çapları 0.2-0.4 cm kozadan çıkan yavrular 0.4-0.7 cm arasında olur. Yavru bireyler açık renkteki sırt iplikleri sayesinde anlaşılır. Cinsel erginliğe 9-10 hafta sonra ulaşırlar. Üreme mayıs başı, temmuz sonuna kadar aşırı derecede artar. 20 derece üreme için en uygun sıcaklıktır. En iyi pH aralığı 7-8 arasıdır. Ortam pH’ının asidik olmaması önemlidir. Ekolojik önem açısından toprağın havalanmasında, mikroorganizmalar ve diğer toprak koşullarının normalleşmesinde önemli katkıları vardır. Solucanın sindirim sisteminden geçen topraktaki CO2; su artışını önler, ölü hayvansal ve bitkisel hücreleri yok eder ve toprak florasının yenilenmesine yardımcı olur. Resim 1: Kırmızı Kalifornia Solucanı KOMPOST (SOLUCAN MAMASI) Solucanların ana besinine genel olarak kompost adı verilir. Kompost içerisinde ; · Saman-Ot · Sebze ve meyve artıkları ( Asitlik oluşturmayacak artıklar olmalı) · Talaş · Karton · Çay veya kahve posaları · %80 oranında sığır ve at gübresi Yazları 40, kışları 60 gün fermante işlemlerinden geçirilip bekletilen kompost solucanların beslenmesi için hazır hale gelmiş olur. Solucanlar asite karşı aşırı duyarlı oldukları için elma-portakal vb artıklar asla komposta karıştırılmamalı. SOLUCANLARDA ÜREME VE ÇOĞALMA TABLOSU · Her bir kokondan ortalama 3 yavru çıktığı düşünülüyor. · (A,B,C,D) olarak belirtilenler jenerasyonlardır. GÜBRE’NİN ÖZELLİKLERİ Organik atığı tükettikleri için çıkardıkları atık da organiktir ve normal takviye gübrelere oranla 5 kat fazla potasyum ve azot , 7 kat fazla fosfor ve 2 kat fazla kalsiyum barındırır. Nem oranı da solucan gübresinde oldukça önemlidir (%30 olmalı). Solucan gübresi içerisinde %40-55 dolaylarında organik madde , %15-25 humik madde bulunduran; Ph 7.5-9.5, nem oranı %20-30 olan eşsiz bir gübredir. 30 yıl boyunca kirletilmiş ve tamamen yitip gitmesine az kalmış olan arazilere uygulandığında 6 ay gibi kısa bir sürede müthiş bir geri dönüş elde edilmiştir. Toprağın ıslahı için birebirdir. Bitkide olgunlaşma süresini 2-3 hafta erkene çeker. Solucan gübresi, sığır gübresi ve diğer gübre çeşitlerine göre kokusuz ve daha ucuz bir türdür. Solucan gübresi hacminin 10 katı kadar su tutar. İçindeki humik maddeler; topraktaki ağır metalleri, radyonüklidleri, pestisidleri , zor eriyen ve bitkiye geçmeyen maddelere dönüştürür. Resim 2: Bir S. Gübresi Üretim Tesisi ( SAS sistemi) SOLUCAN GÜBRESİNİN KULLANIMI Sebzeler için bir avuç (50-60gr), meyve fidanları için 1,5 kg kadar kullanılmalıdır. Kökler gübre ile temas etmeli ve can suyu verilmelidir. Yetişkin ağaçlarda taç/gölge iz düşümü 15-20cm derinlikte kazılarak açılan çukura taç/gölge iz düşümünün çapı kadar (taç/gölge izdüşümü 1 m ise 1kg, 2m ise 2kg) gübre konur. Açılan çukur toprakla birleştirilerek sulama yapılır. Dikili sebzelerin etrafı gövdeden 10-15 cm mesafede çember şeklinde açılır. Çukur içine iki avuç ( yaklaşık 100 gr) gübre konularak yan tarafa ayrılan üst toprak ile örtülür ve sulama yapılır. Tohumdan fide yetiştirilirken toprağa göre solucan gübresi oranı 3/1 olmalıdır. Saksıda yetiştirilen tüm bitkilerde saksı toprak yüzeyi 1-2 cm kadar sıyrılarak alınır. Sıyrılan yüzey gübre ile örtülerek sulama yapılır.

Önsöz Bu yazımda Kanser enerji metabolizmasında (EMT) çok önemli bir yere sahip olan Warburg etkisinin açıklandığı makaleyi analiz edeceğiz. İyi okumalar… Kaynak: ‘’Mitochondrial Metabolism and Cancer’’ MİTOKONDRİ METABOLİZMASI VE WARBURG ETKİSİ Tümör hücreleri incelendiğinde yoğun bir enerji üretiminin söz konusu olduğu anlaşılmıştır. Tümör hücrelerinde; tümör süpressörlerinin kaybı veya mutasyonu söz konusudur. ‘’Fosfoinositid-3-kinaz’’ (P13K) ‘ nın aktivasyonu tümör hücrelerinde gözlenen yüksek seviyedeki aerobik glikolizin ana regülatörüdür. P13K bir tür büyüme faktörü olup hücrede PTEN (negatif regülatör) kaybedilmesi tümör hücrelerinde sıklıkla P13K yolunu aktive eder. Tümör hücreleri normal sağlıklı hücrelerle karşılaştırıldığında çok daha fazla glikoz kullandıkları açığa çıkıyor. En basit şekli ile tümör hücrelerindeki bu yüksek orandaki aerobik glikoliz warburg etkisi olarak açıklanmaktadır. Glikolizin normal hücrelerde 2 ATP kazancı sağladığını bilmekteyiz. Peki kanser hücresi bu bol enerjisini nasıl sağlamaktadır ? Cevap: Kanser hücreleri normal hücrelere göre 18 kat daha hızlı bir şekilde glikoliz’i gerçekleştirmektedir. Kanser hücrelerinin bu özellikleri, normal hücrenin Glikoliz+TCA siklusundan elde ettiği toplam enerjinin (Net: 36 ATP), kanser hücresinde sadece glikoliz aşamasından elde edildiğine bir kanıt niteliğinde olup, Warburg etkisi olarak tanımlanmıştır. [Ayrıca Ras ve Myc gibi onkogenler aracılığıyla glikolitik enzimler ve glikoz taşınımı artar…] LDH-A (Laktat dehidrojenaz-A) enzimi Kanser hücrelerinde en önemli glikolitik enzim LDH-A (Laktat dehidrojenaz-A)’dır. Nihai görevi onkogenlerde glikolizi arttırmaktır. Ayrıca NAD+ glikolizin devamlılığı için gereklidir (elektron transport). LDH-A’nın tümör hücrelerinde aşırı ekspresyonu, NADH’ın hızla NAD+ ‘e yükseltgenmesine, dolayısıyla aerobik koşullarda glikolitik akışı arttırmasına izin verir. [Normal hücrelerde LDH expresyonu azdır (Aerobik koşullar altında)…] Şekil 1: Kanserli ve Normal Hücre Enerji Metabolizmaları ( Mitochondrial Metabolism and Cancer ) Yukarıdaki şemada’da gösterildiği gibi enerji metabolizması yönünden normal ve kanserli hücre arasındaki en önemli fark ; kanserli hücrelerde TCA siklusunun HIF ve PDK ile down regüle edimesidir. p53 geni p53 geni glikoliz için downregülatör bir gendir.Ayrıca P53 aktivasyonu SCO2* (sitokrom oksidaz 2 sentetaz) ekspresyonunuda uyarır.Dolayısıyla p53 ekspresyonu azaltılır, AKT ( büyüme faktörü) ekspresyonu artar. Dolayısıyla glikoliz ve hücre proliferasyonu artar. [*SCO2: Sitokrom c ‘den moleküler oksijene indirgenen eşdeğerliklerin transferini katalize eder ve iç mitokondri membranı boyunca protonları pompalar.] HIF-1 ve Warburg Etkisi HIF-1 bir transkripsiyon faktörüdür.HIF-1’in temel görevi glikoliz için glikolitik enzim ve glikoz transportla ilgili genlerin ekspresyonunu arttırmaktadır.HIF-1’in temel görevi glikoliz için glikolitik enzim ve glikoz transportla ilgili genlerin ekspresyonunu arttırmaktadır. PDK1, pirüvatın asetil-CoA’ya dönüştürülmesinden sorumlu olan enzim olan PDH’ı ( pirüvat dehidrojenaz) inaktive eder. Böylece asetil- CoA’nın TCA döngüsüne ve ETS’ye verilen NADH ve FADH2’lere indirgenmesini azaltır. Dolayısıyla ‘’KANSER HÜCRESİNDE TCA SİKLUSU İNDİRGENMİŞ OLUR’’. Şekil 2 HIF-1 Şeması (hipoksi) (Mitochondrial Metabolism and Cancer) [HIF-1’in en önemli özelliklerinden biride hipoksi ile indükleniyor olmasıdır. Ayrıca HIF-1’in iki alt ünitesi mevcuttur ; HIF-1α ve HIF-1β dır.] Tümör hücresinin proliferasyonunda glikolizin rolü Şekil 3: Normal ve Kanserli Hücre Enerji Yolakları ( Mitochondrial Metabolism and Cancer) LDH-A nın pirüvatı laktata dönüştürdüğü biliniyor ve burada hedef gen c-myc’dir. Çalışmalarda PDK baskılanmış ve tömür büymesinin yavaşladığı gözlenmiştir. İlk bakışta bu sonuçlar tümör proliferasyonun glikoliz bağlı olduğunu göstermekte. Bazı tümör hücrelerinin pentoz-fosfat yolunu beslemek için yeterli substuratlar bulduğu sürece glikozun yokluğunda’da kültürde büyüyebildikleri gözlenmiştir. Pentoz-Fosfat yolunu desteklemek için yüksek seviyelerde aerobik glikoliz gerekli olabileceğini düşünülmüş. Bu hipotezi destekleyen dönüştürülmüş insan mezenkimal kök hücreler, riboz-5-fosfat üreten ve DNA sentezinde rol oynayan enzimlerde artışa neden olan pentoz fosfat yolunun RPIA (riboz-5-fosfat izomeraz A) tarafından upregülasyonu sergilenmektedir. PKM2 (Pirüvat kinaz M2) keşfedilmiş, bu PKM2 pürivat kinazın bir izoformu olup, glikolizin son adımının düzenlenmesinde görev almaktadır. Overekspre edilen tümörlerde ve PKM2 ‘nin inaktivasyonu insan akciğer kanseri hücrelerinde xenograf tümör büyümesini azalttığı gözlenmiş. [Bu çalışmalar ışığında Warburg etkisine alternatif bir açıklama getirilmiş; ‘’Yüksek hızla çoğalan tümör hücreleri, nükleotid üretmek ve pentoz-fosfat yolu için glikolitik ara ürünler sağlamak amacıyla yüksek glikolitik akış gerektirmektedir.’’] Mitokondrial Metabolizmanın Tümör Proliferasyonundaki Etkisi Warburg’un ilk hipotezi, kanserin solunumda meydana gelen hasar sonucu kaynaklandığı ve hücrenin oksidatif fosforilasyondan kaybettiği ATP’yi glikolizdeki artışla dengelemeye çalışması şeklindedir. Tümör hücrelerinde yüksek seviyede aerobik glikoliz gözlendiği doğrulanmış, mitokondrinin tümör hücrelerindeki rolü ise tartışmalı şekilde kalmıştır. Ancak artan glikoliz tek başına solunum bozukluğu ile açıklanamayacığı öngörülmüş. Bir çok araştırmacı mitokondrial metabolizma ve solunum hızında bir düşüşün tümör hücresi proliferasyonunda gerekli olduğunu savunmuş olsalar da, çok sayıda çalışma mitokondrinin çoğu tümör hücresinde gerçekten işlevsel olduğunu göstermiştir. [Mitokondrial biyogenezde Myc onkogeni, mtDNA transkripsiyonu ve OXPHOS fonksiyonu önemli bir yere sahiptir.] Yapılan çalışmalarda; yüksek mitokondrial zar potansiyeline sahip fare embriyonik kök hücreleri teratom oluşturabilirken, düşük membran potansiyeline sahip fare hücrelerinin farklılaşır. İlginç bir şekilde, hipoksik hücreler tarafından üretilen aşırı laktat, komşu normoksik hücrelere taşınabilir. Monokarboksilat taşıyıcı 1 (MCT1) ve mitokondrial metabolizma sağlamak için pirüvata dönüştürülür. MCT1 inhibisyonu normoksik tümör hücrelerinde laktattan ziyade büyük miktarlarda glikoz tüketimi ile sonuçlanır ve hipoksik tümör hücrelerine sınırlı glikoz temin edilebilir. Bu durum hipoksik tümör hücrelerinin kombine bir glikoz ve oksijen yokluğuna bağlı hücre ölümüne yol açar. Şekil 4: Kanser Metabolizmasında Glukoz ve Glutamin ( Mitochondrial Metabolism and Cancer ) 25 yıl kadar önceki çalışmalar Hela (Ovaryum Kanseri) hücre kültürlerinin glukoz yerine substurat olarak ‘’glutamin’’ i metabolize edip prolifere olduklarını göstermiştir. GLUTAMİN & Myc Myc onkogenin hücrelere glutamin kullanmaları için bir tür teşvik sinyali verdiği gözlenmiştir. İlk çalışmada Myc dönüştürülmüş hücreler α-Ketoglutarat üretilmesi ile TCA ara maddelerine gerekli olan glutaminin tüketimi gözlenmiştir. Myc dönüştürülmüş hücreler glutamin yokluğunda hücre ölümüne gitmişlerdir. Myc ifade eden hücrelerde glutaminazı susturmak hücre proliferasyonunu azaltır; bu kusur kısmen oksoloasetat ile onarılabilir, okasoloasetat bir TCA ara maddesidir. Son olarak Mitokondri metabolizması ve hücre büyümesi için glutamin önerilmiştir. Şekil 5: Kanser Metabolizmasının Genel Girdi ve Çıktıları (Mitochondrial Metabolism and Cancer) ‘’Mitochondrial Metabolism and Cancer’’ makalesi kaynak olarak kullanılmıştır.

Önsöz Bu sayfadaki ilk yayınım olması dolayısıyla gayet heyecanlı olduğumu belirtmek isterim. Bu yazının temel amacını belirtmek gerekirse, biyoloji ile ilgilenen ancak uzmanlığı olmayan kişiler, bu dal ile yakından ilgilenen ve teknik donanımı yerinde olan kişiler ve ilgi alakası olan herkes için oldukça basit anlaşılır ve yalın bir dille CRISPR-Cas9 sistemini özetleyeceğim. Yararlı olması dileğiyle... SON YILLARIN GÖZDESİ CRISPR Cas9 YÖNTEMİNE GENEL BAKIŞ Bir çoğumuzun popüler dergiler, sosyal medya ve çevremizden duyduğu bu yöntem, bugüne kadar biyoloji ve moleküler biyoloji alanlarında PCR teknolojisinden sonra gerçekleştirilmiş en önemli çalışmalardan biridir. Kısaca tarihi gelişimine bir bakalım; CRISPR "Clustered Regularly Interspaced Short Palindomic Repeat" (kümelenmiş düzenli aralıklı kısa palindromik tekrar) dizileri ilk olarak 1987'de E.Coli'nin genomunda keşfedilmiştir. Fakat onların bakteriyofajlara karşı bir koruyucu işlevine 2007'ye kadar açıklık getirilmedi. İlk deneyler, yoğurt ve peynir üretimi için önemli bir bakteri olan S. thermophilus'u, eksojen faj DNA'sının bakteri genomuna CRISPR tekrarlarının bir parçası olarak dâhil edilebileceğini test etmek için yırtıcı fajlara maruz bırakıldı. Polimeraz, nükleaz ve helikazı kodlayan Cas (CRISPR ilişkili) genler bu süreçteki çeşitli rollerini belirlemek için bozuldu. Bilim adamları prokaryotların bir uyarlayıcı bağışıklık sistemi geliştirdiği hipotezini kurdu, bu durum çeşitli Cas genlerini kullanarak sadece istila eden fajların kaydını tutmakla kalmaz aynı zamanda tekrar maruz bırakıldığında fajın yok edilmesini sağlar. Daha belirli bir biçimde, özelleşmiş Cas proteinleri, yabancı DNA'yı yaklaşık 30 bp uzunluğunda küçük parçalara sokar ve bunları CRISPR dizisine yapıştırır (Bu kısma ileride şekiller ile açıklık getireceğim). Bugün hızla ilerleyen CRISPR çalışmalarında çeşitli tipler doğmuştur bunlardan en yaygın ve bilineni Tip II dir. Tip II CRISPR / Cas sisteminden sonra en son 2015 yılında V. tipi keşfedilmiştir. (CRISPR Gen Modifikasyonları T101) CRISPR VE MEDYA Bugün bir çok yerde karşılaştığımız haberlere değinmek'de istiyorum. CRISPR'ın başarıları gün geçtikçe arttığının bariz kanıtları olarak gösterebileceğimiz bir çok bilimsel haber değer taşıyan haberleri bulmak mümkün. CRISPR yönetemi ile geliştirilen ve en yaygın olarak bilinen tedavi yöntemi CAR-T hücre tedavisi ( başka yazılarımda değineceğim) uzun zamandır araştırmacılar bu yöntemi kullanarak büyük başarılara imza attılar. Özellikle kendilerine zor hedefler seçtiler örneğin ''Akut Lenfoblastik Lösemi'' (ALL) hastalarının kritik dönemde olan bireyleri üzerinde çeşitli çalışmalar yapılmıştır. Bunlardan en dikkat çekeni; Dr. Grupp, tekrarlayan veya mevcut tedavilere cevap vermeyen TÜM‘li çocuklarda ve genç yetişkinlerde CAR T hücrelerinin çeşitli denemelerini gerçekleştirmiştir. CD19 hedefli CAR T hücrelerini kullanılan daha önceki denemelerden birinde, çalışmada tedavi edilen 30 hastanın 27’sinde tüm kanser bulguları kayboldu (tam bir yanıt verdi) ve bu hastaların birçoğunun tedaviden sonra tekrarlama belirtileri göstermediğide rapor edilmiştir. Ayrıca son dönemlerde nadir hastalıklar ve parkinson, alzheimer gibi nörodejeneratif hastalıklarla alakalı çalışmalarada hız verilmiştir. Ülkemizde'de Dr. Cihan Taştan ve aralarında benimde bulunduğum 3 arkaşımında bulunduğu CRISPR-Cas9 yöntemi ve Nadir hastalıklar konulu Türkçe bir derlemeninde yolda olduğunu buradan müjdelemek isterim. CRISPR-Cas9 DNA EDİTİNG Bu kısma giriş yapmadan önce yazımızın içerisinde kullanacağımız teknik terimler için küçük bir sözlük hazırlamak istiyorum. Cas (CRISPR Associated Protein): CRISPR Bağımlı Protein, Cas9 nükleazı Tip II CRISPR sistemindeki aktif bir enzimdir. gRNA: Rehber DNA, sentetik olarak endojen bakteriyel tracrRNA ve crRNA’nın birleştirilmiş formu; Hem Cas9 nükleazın iskele kurup/bağlanmasını hem de istenen DNA’nın hedeflenme spesifitesini sağlar; Doğal olarak bulunmaz; Tek rehber DNA (single guide RNA) ya da ‘sgRNA’ olarak da isimlendirilir. PAM (Protospacer Adjacent Motif): Cas9’un hedef DNA’ya bağlanması için gerekli; Hedef diziden hemen sonra olmak zorunda. sgRNA: Rehber DNA; Sentetik olarak, endojen bakteriyel tracrRNA ve crRNA’dan elde edilen hedefleme ve iskele dizisinin birleştirilmiş formu; Genom mühendisliği çalışmalarında, Cas9’un spesifik genomik lokusu hedeflemesinde kullanılır; ‘gRNA’ olarak da isimlendirilir. Şekil 1: Cas9, crRNA, PAM, tracrRNA, gRNA, genomik DNA, hedef dizi (Anonim) Gerekli bilgileri sağladıktan sonra asıl konumuza geçelim. CRISPR-Cas9 sisteminin Tip II çalışmalarının temel prensibini görseller ile anlatacağız. Bakteriler son derece olumsuz koşullara adapte olabilmiş ve bulundukları habitat içeresinde egemenliğini sürdürebilmiştir. Bakteriler bu egemenliklerini bazı adaptasyonlara borçludurlar; reseptör mutasyonu, restriksiyon modifikasyonu gibi çok sayıda doğal bağışıklık benzeri sistemlerinin yanında, son olarak spesifik ve dış kaynaklı genetik elementlere karşı kazanılmış bağışıklığı sağlayan CRISPR-Cas adaptif immün sistemi tanımlanmıştır. Bakteriler üzerinde yapılan bu çalışmalar in vitro koşullarda CRİSPR yönteminin kabulü için ön ayak olmuştur (2007). CRISPR’ın görev tanımını yapacak olursak en kaba şekilde şöyle diyebiliriz; DNA dizisi üzerinde belli polindromik baz çiftlerinin kesilip-çıkartılıp yerlerine istenilen bazlar yerleştirilerek DNA üzerinde istekli şekilde değişiklikler yapılması. Bu açıklama sistemin basitliğini anlamak açısından önemlidir. Yapılan çalışmalarda, CRISPR Tip II sistemi için gerekli olan en az üç bileşen olduğu bildirilmiştir (Cas9, matür crRNA, tracrRNA). CRISPR aktivitesi için genellikle CRISPR dizilerine bitişik bulunan ve immün yanıt için proteinleri kodlayan CRISPR ilişkili (Cas) genlerin varlığına ihtiyaç vardır. Bu karakteristik CRISPR dizileri yabancı genetik materyalin kısa segmentlerinden türevlenen tekrarlanmayan sekansların tekrarlayan sekanslar içerisine girmesi ile oluşur. Yani bakteriyi enfekte eden virüs DNA’sının belirli kısımları tekrar genleriyle birlikte CRISPR bölgesine yerleştirilir. Şekil 2: Bakteriyel kromozomda bir CRISPR bölgesinin yapısı (Anonim, 2016) CRISPR-Cas bağışıklık sistemi hücre içerisinde immüniteyi üç adımda gerçekleştirir ; Şekil 3: Tip II CRISPR (CRISPR Gen Modifikasyonları T101) 1.ADIM İlk adım, ekzojen (virüs) nükleik asitten elde edilen aralık kısımların CRISPR bölgesine yerleştirildiği adaptasyondur. Bu adımda, protoaralıkların seçimi, istilacı plazmid ve faj genomlarında bulunan protoaralık bitişik motiflerin (protospacer adjacent motif- PAM) spesifik tanınması ile belirlenir. PAM’lar 2-5 nükleotitten oluşan, yüksek korunmuş dizi motifleridir. PAM sekansına sahip yabancı DNA aralık kısmı, tekrarlayan genlerle birlikte CRISPR bölgesine yerleştirilir. Bakteriyel CRISPR bölgesindeki tekrarlar içindeki PAM tanıma dizilerinin eksikliği CRISPR-Cas sistemlerinin kendini hedefleme ve kendini kesme olasılığını ortadan kaldırırken PAM dizilerindeki mutasyonlar fajın CRISPR bağışıklığından kaçmasına izin vermektedir. Bu adımların daha iyi anlaşılabilmesi için aynı zamanda birde küçük bir benzetme yapacağım; Bu şemadaki atmosferi bir Amerikan kasabasına benzetelim. Bu kasabanın suçluları ve birde polisleri olsun. Suçluların amacı kasabaya girip illegal işler gerçekleştirmek. Burada suçlular fajın DNA’sı ve polisler ise Cas enzimleridir. Kasabaya giren suçluların bir kısmını 1.aşamada bu polisler yakalıyor ve diğer suçlularında eşkallerini merkeze ( Cas gen dizileri ) bildiriyorlar. 2. ADIM İkinci adımda, istilacı DNA’daki hedef sekansın CRISPR lokusuna sokulduğu bölge, öncül CRISPR RNA’lara (pre-crRNA) transkribe edilir ve oluşan pre-crRNA transkriptleri Cas endoribonükleazlar tarafından ekzojen DNA hedef sekanslarıyla Watson-Crick baz eşleşmesi gösteren küçük crRNA’lara dönüştürülür (crRNA’nın sekansı istilacı DNA’nın sekansına karşılık gelir) Bu aşamada faj DNA sı ve CRISPR sekansı birleşerek transkripsiyon geçirip yeni bir dizi oluştururlar. 2.adımda kasabada işler kontrole alınmaya başlıyor (Cas II) ve kasabanın her yerine suçluların fotoğrafları ve suçlarını belirten kağıtlar dağıtılıyor (işlenmiş crRNA). 3. ADIM Son adım ise hedefleme olup, bu adımda, crRNA ile Watson-Crick baz eşleşmesinden yararlanılarak istilacı nükleik asitler hedeflenir, Cas nükleazlar ile homolog sekanslar kesilerek virüslerin ve plazmidlerin çoğalması önlenir. 3. adımda kasabanın muhafızları (Cas III) ortamdaki suçluları yakalamak için harekete geçerler ve ortam suçlulardan arındırılır. Son olarak diğer yazılarımda CAR-T hücre tedavisi, Nadir hastalıkların tedavisinde CRISPR, CRISPR ve endişeleri gibi konulara değineceğim. Kaynak olarak içerisinde çevirmen olarak yer aldığım ve internetten kolayca ulaşıp e-book şeklinde indirebileceğiniz ''CRISPR Gen Modifikasyonları T101'' kitabını eğer meraklı iseniz mutlaka okumanızı tavsiye ediyorum. İyi günler dilerim.