RNA da bulunan Urasil(U) de pirimidin bazıdır. Toplamda 3 pirimidin, 2 pürin bazı vardır.

Polimeraz zincir reaksiyonu temel olarak 3 aşamada gerçekleşir ve annealing bunlardan biridir.Daha iyi anlaşılcağını düşündüğüm için bu 3 basamaktan da bahsedeyim.

Denatürasyon:İlk aşamada DNA molekülünün çift zincirli yapısı yüksek ısı yardımıyla birbirinden ayrılır(denatürasyon) .Çoğunlukla 94°C- 97°C arasında 15-60 sn süresince uygulanır.

Annealing(Bağlanma):Denatürasyonu takiben daha düşük ısılarda oligonükleotid primerler, ayrılmış olan tek zincirli DNA üzerinde kendi eşlenikleri olan bölgelere bağlanırlar.Bu olay çoğunlukla 47°C- 60°C arasında 30-60 sn ‘de gerçekleşir.(G/C oranı yüksek olan bölgelerde bağlanma ısısı 68°C’ye kadar arttırılabilir)

Elongasyon(uzama):Son aşamada ısı 72°C’ye kadar arttırılarak DNA polimeraz enziminin tamamlayıcı DNA zincirini uzatması sağlanır.Elongasyon basamağının süresi kullanılan polimerazın cinsine ve amplifiye edilecek DNA‘nın uzunluğuna göre 30sn ile 3 dakika arasında değişir.

• Ökaryotik hücre, çok sayıda kromozom içeren nükleer membranla çevrili gerçek bir nükleusa sahiptir ve yavru hücrelere kromozomların eşit bölüştürülmesini garanti altına alan mitotik aparat kullanır.
• Prokaryotik hücrenin nükleoiti, nükleer membran ve mitotik aparat olmaksızın gevşek organize olmuş tek çembersel DNA molekülünden oluşur (Tablo-3).

Prokaryotik ve ökaryotik hücrelerin karakteristikleri

• Prokaryotik bakteri hücrelerinin nükleer membran içinde DNA’sı yoktur. Mitotik bölünme yapmaz. Histonla ilişkili DNA’ları yoktur. Tek kromozoma sahiptir. Mitokondri, lizozom gibi membranla bağlantılı organelleri yoktur. 70S ribozoma sahiptir. Peptidoglikan içeren hücre duvarı vardır.
• Ökaryotik insan hücrelerinin nükleer membran içinde DNA’sı vardır. Mitotik bölünme yapar. Histonla ilişkili DNA’ları vardır. Birden fazla kromozomu vardır. Mitokondri, lizozom gibi membranla bağlantılı organelleri vardır. 80S ribozoma sahiptir. Peptidoglikan içeren hücre duvarı yoktur.

Farklı çekirdek türlerine ek olarak, hücreler diğer bazı özelliklerle de birbirinden ayırt edilir.

• Ökaryotik hücrelerin, mitokondri ve lizozomlar gibi organeller ve daha büyük (80S) ribozomları içerirken, prokaryotların organelleri yoktur ve daha küçük (70S) ribozomlar içerirler.
• Prokaryotların çoğu, özgün yapısal bir komponent olarak, aminoasitler ve şekerlerden oluşan bir polimer olan peptidoglikan içeren sert bir dış hücre duvarına sahiptir. Diğer taraftan ökaryotlar peptidoglikan içermezler. Ya esnek hücre membranı ile çevrilidirler ya da mantarlarda olduğu gibi tipik olarak iskeleti oluşturan bir N-asetilglikozamin homopolimeri olan kitin içeren sert bit hücre duvarına sahiptirler.
• Ökaryotik hücre membranı steroller içerirken , duvarsız Mycoplasma dışında hiçbir prokaryot membranında sterol yoktur.

Hareket bu organizmaların ayırt edilebileceği başka bir özelliktir . Protozoonların çoğu ve bazı bakteriler hareketliyken , mantar ve virüsler hareketsizdir . Protozolar , flagella , siliya ve psödopod olmak üzere üç farklı hareket organına sahip heterojen bir gruptur . Hareketli bakteriler yalnızca flagella aracılığıyla hareket ederler .

TERMİNOLOJİ

Bakteri , mantar , protozoa ve helmintler cins ve tür adının kullanıldığı iki isimli Linnean sistemine göre adlandırılırlar , fakat virüsler böyle isimlendirilmezler . Örneğin , herkesçe bilinen Escherichia coli bakterisinin adına bakıldığında , Escherichia cins ve coli tür adıdır . Benzer şekilde Candida albicans mayasının adı cins olarak Candida tür olarak albicans’tan oluşur . Fakat virüsler tipik olarak poliovirüs , kızamık virüsü , kuduz virüsü gibi tek bir isme sahiptirler . Bazı virüslerin iki kelimeden oluşan adları vardır , örneğin herpes simpleks virüs gibi , fakat bunlar cins ve türü temsil etmezler .

44+XXX bireylere süper dişi de denmektedir. Mayoz bölünmenin Anafaz evresinde meydana gelen ayrılmama sonucu oluşur. Örneğin gonozomları ayrılmamış bir yumurta (22+XX), X taşıyan normal bir spermle döllenirse süper dişi bireyler oluşabilir.

44+XXY bireyler Klinefelter sendromlu erkeklerdir. Mayoz bölünmede meydana gelen ayrılmama sonucu oluşan bir yumurta  (22+XX), Y taşıyan bir normal bir spermle döllenirse bu bireyler meydana gelebilir.

44+XYY bireylere süper erkek de denmektedir. Bu bireyin oluşması için mayoz bölünmenin anafaz 2 evresinde ayrılmama görülmüş bir spermin (22+YY), normal bir yumurtayı döllemesi gerekir.

Polar gruba sahip olan moleküller su ile hidrojen bağı oluşturarak suyun içerisinde çözünürler. Bu tür moleküllere hidrofilik (suyu seven) denir.

Apolar moleküller su içerisinde çözünmezler ve hidrofobik (sudan kaçan) olarak isimlendirilirler. Bu tür moleküller su ile hidrojen bağı oluşturamayacakları için diğer hidrofobik moleküllerle interaksiyon (etkileşime) girerler.

• Bir maddenin az olduğu yerden çok olduğu yere geçmesidir.
• Porlardan geçebilecek büyüklükteki maddeler aktif taşıma ile taşınır.
• Enzim kullanılır.
• Enerji harcanır.
• Sadece canlı hücrelerde görülür.
• Denge yoktur.
• Taşıyıcı moleküller kullanılır.

NOT 1 : Hücre zarından geçebilecek büyüklükteki bir maddenin miktarı hücre içi ile hücre dışı arasında farklılık oluşturuyorsa burada aktif taşıma var demektir.
NOT 2 : Sıcaklık artışı,molekülün alınmasını hızlandırmaz.

Aslında sentez sözcüğü kafa karıştırıcı.. Heterotrof olan insan karaciğerinde de glikoz karbondioksit ve sudan sentezlenebiliyor. ATP nin kaynağı dışarıdan alınan besinden alındığından sisteme bir katkısı yok ve bu nedenle dikkate alınmıyor. Glikoz sentezi deyince karbondioksitin indirgenmesi diye de düşünülebilir.

Söylediğimiz gibi, sentez sözcüğü detaya indiğimizde aslında gerçekleşen şeyler fakat bunları göz ardı ediyoruz bilim olarak ya da yanlış yansıyor bize. Soru belki fotoototrofik yolla ya da kemoototrofik yolla glikoz sentezi tüm canlılarda ortak mıdır şeklinde sorulsa, cevaplar daha kesin olabilirdi.

Polimeraz zincir reaksiyonu temel olarak 3 aşamada gerçekleşir ve annealing bunlardan biridir.Daha iyi anlaşılcağını düşündüğüm için bu 3 basamaktan da bahsedeyim.

Denatürasyon:İlk aşamada DNA molekülünün çift zincirli yapısı yüksek ısı yardımıyla birbirinden ayrılır(denatürasyon) .Çoğunlukla 94°C- 97°C arasında 15-60 sn süresince uygulanır.

Annealing(Bağlanma):Denatürasyonu takiben daha düşük ısılarda oligonükleotid primerler, ayrılmış olan tek zincirli DNA üzerinde kendi eşlenikleri olan bölgelere bağlanırlar.Bu olay çoğunlukla 47°C- 60°C arasında 30-60 sn ‘de gerçekleşir.(G/C oranı yüksek olan bölgelerde bağlanma ısısı 68°C’ye kadar arttırılabilir)

Elongasyon(uzama):Son aşamada ısı 72°C’ye kadar arttırılarak DNA polimeraz enziminin tamamlayıcı DNA zincirini uzatması sağlanır. Elongasyon basamağının süresi kullanılan polimerazın cinsine ve amplifiye edilecek DNA‘nın uzunluğuna göre 30sn ile 3 dakika arasında değişir.

- Tiroglobulin, iyotlu glikoprotein olup, moleküler ağırlığı 680.000 dolayındadır. Büyük moleküler ağırlıklı bir madde olması nedeniyle, tiroglobulin kanda görülmez ve tiroid hormonlarının saklanan ön şekli olarak kabul edilir.

- Deneysel olarak tiroglobulin bir hayvana enjekte edildiğinde, daima antijenik bir etki gösterir. Tiroid bezinin kronik iltihaplanmasıyla ortaya çıkan Hashimoto hastalığında ise, tiroid bezinden tiroglobulinin kana geçtiği ve kanda tiroglobuline karşı oluşan antikorlar görülür.

- Ayrıca, yüksek oranda radyoaktif iyot alarak tiroid dokusu zedelenmiş bireylerde, kanda tiroglobulinin bulunduğu da saptanmıştır.

- Uygun fizyolojik şartlar altında, tiroglobulin molekülü, proteazlar aracılığı ile parçalanıp,    iyotlu amino asitleri oluşturur.

Tiroglobulin molekülünün parçalanmasıyla meydana gelen iyotlu amino asitler, monoiodotirozin (MIT), diiodotirozin (DIT), triiodotironin (T3) ve tetraiiodotironin=tiroksin (T4) dür.

- Monoiodotirozin ve diiodotirozin, dolaşıma geçmez. Oluşumlarını takiben, hemen folikül hücrelerinde, deiodinaz enzimi aracılığı ile monoiodotirozin ve diiodotirozin iyotlarından arınırlar. Bu reaksiyon sonucu serbest kalan iyot, yeni başlayacak başka bir tiroglobulin sentez yolunda kullanılır.

- Triiodotironin ve tiroksin, dolaşıma geçen ve esas olarak biyolojik aktivite gösteren tiroid hormonlarıdır. Kanda, tiroksin, triiodotironinden daha fazla miktarda bulunur. Ancak, triiodotironin, tiroksine kıyasla daha aktiftir ve hedef yapısındaki etkisini daha kısa zamanda meydana getirir. Tiroksinin böbreklerde, triiodotironine dönüştüğüne ait çalışmalar vardır.

- Tiroid hormonlarının kandaki taşıyıcı proteinleri, tiroksin bağlayıcı globulinler (TBG), tiroksin bağlayıcı prealbumin (TBPA) ve serum albumini (ALB) dir. Tiroksin, taşıyıcı proteinlerine triiodotironine kıyasla daha kuvvetli bağlarla bağlıdır. Kanda taşıyıcı proteinlerine bağlı olarak taşınan tiroid hormonları, hedef dokularına eriştiklerinde, taşıyıcılarından ayrılır, kapiller duvarından geçip, hedef hücreleri üzerindeki etkilerini gösterirler.

mitotik rekombinasyonlarda, rekstriksiyon ve ardından rekombinant yöntemi gözlenir. Bu evrelerin başlangıçı olan rekstriksiyon kısmında; ek olarak hücrelerin gen kısmı kesilir ve donör olarak kullanılan hücrenin geniyle rekombinesi-birleştirilmesi gerçekleşir. Katılımı sağlanan bu donörlerlerde homolog ve sinapların oluşumu gözlenebilmektedir.

• L-Askorbik asit üretimi
• Ürokanik asit
• Poliinozin asidi+polisitidin asidi üretimi
• Koenzim A üretimi
• Efedrin sentezi
• Dihidroksiaseton sentezi
• Karbonhidrat dönüşümleri
• Yağların enzimtik interesterifikasyonu
• Pestisitlerin biyotransformasyonu