Gönderen Konu: Pirimidin yapimi DNA yapisi ve replikasyonu  (Okunma sayısı 2394 defa)

0 Üye ve 1 Ziyaretçi konuyu incelemekte.

Çevrimdışı Hüseyin

  • Moderatör
  • Primat
  • ***
  • İleti: 176
  • Başarı Puanı +130/-0
Pirimidin yapimi DNA yapisi ve replikasyonu
« : 29 Ağustos 2011, 05:17:33 »
OMP=orotidilat(?) orotik asidurili hastalarda orotik asiduri gelisme geriligi ve megaloblastik anemi olur. Enfeksiyona egilim var. agizdan uridin verilmesi fayda sagliyor. Cunku pirimidin sentezinde UMPye kadar geliyoruz. Eger bir onceki substrati (uridin) verirseniz negatif feedback olur.

Sekonder orotik asiduriler; en onemli nedeni tip II  hiper amonyemi ornitin transkarbomoilaz enzimi vardi. karbomoil fosfat ile ornitini birlestirip sitrulin yapiyordu. Ure siklusunun ikinci enzimi idi. Ureye devam edemeyince biriken karbomoil fosfat sitozole kaciyordu. Zaten pirimidin sentezinde karbomoilfosfat var. sekonder orotik asiduri yapiyor. Ayrica allapurinol ve 6azauridin de sirasiyla iki enzimi inhibe ederek orotik asiduri yapan ilaclardir.
Reye sendromu KCde bozukluk yapiyor, ure sentezi bozulunca yine karbomoilfosfat sitozole kaciyor.
Pirimidin halkasi insan vucudunda kirilabilir. ß alanin ve ß aminoizobutirat olusturuyor. İlki asetil coa ikincisi de suksinil coa olusabilir.
RNAda sekerimiz riboz  seker; DNAda deoksiriboz seker olmasi gerekiyor. Bunun icin Tioredoksin denen glutatyon gibi bir madde gerekiyor. Ribonukleotid reduktaz yapiyor bu isi. Ayni glutatyon gibi SH-tioredoksin-SH ve tioredoksin okside formu var.
Hidroksiure (hidroksi karbamid) ribunukleotid reduktazi inhibe eden bir ilactir. Kemoteropatik ajan olarak kullaniliyor.
Timidilat sentezi; RNAnin karakteristik bazi urasil DNAda timidine donusmeli. Aralarindaki tek fark bir metil grubudur. (Bu aradaATP RNAda, dATP DNAda kullanilan formdur.) dUMPden dTMP olmasi icin gerekli metili ya folik asit verebilir ya da SAM. Ama bu olayda folik asit kullanilabiliyor. (N5-N10 metilentetrahidrofolat>dihidrofolata donerken dUMP de dMP oluyor. Enzim timidilat sentazdir. Timidilat sentazin inhibitoru 5florourasildir. 5 florourasil enzimin inhibitoru peki kimin analogu? Tabi ki bir onceki substrat olan dUMPnin. (metil grubu=CH2)
Folat vitaminin bütün reaksiyonlarinda N5N10 metili verince tetrahidrofolata donerken bir tek bu reaksiyonda dihidrofolata doner. Ordan dihidrofolat reduktaz ile (inhibitoru metotreksat) tetrahidrofolat olur. Metotreksat hem purin hem pirimidin sentezini bozar. Metotreksat A, T, G durdurur. Bir tek Citozini ve urasili etkilemez.
DNA yapisi ve replikasyon; okaryotlarda kromozomlar icinde bulunur. Basit canlilarda ekstrakromozomal DNA parcalari da var: plazmitler(antibiyotik direncinin aktarilmasinda gorev alirlar). DNAdan DNA kopyalanmasi replikasyon, DNA dan RNA cikarilmasina transkripsiyon, RNAdan protein sentezine de translasyon denir.
DNA bir polideoksiribonukleotiddir. Milyarlarca deoksiribonukleotidin 3’5’fosfodiester baglari ile baglanmasi sonucu olur. DNA cogu zaman cift sarmallidir. (bazi viruslarda tek sarmalli DNA var). fosfodiestar baglarini yikan enzimlere nukleaz denir. Ribonukleaz ve deoksiribonukleaz denir. Yiktigi fosfodiester baginin yerine gore ayni peptidazlar gibi endonukleaz egzonukleaz gibi isimlendirilir. DNA birlesirken Adenin ile Timin, Guanin ile Citozin arasinda H baglari kurulur.
DNA birbirine sarilirken sirayla major oluk minor oluk major oluk diye gider. Aktinomisin-D DNAnin minor oluguna yerleserek sakiz gibi yapisir, DNA replikasyonunu ve protein sentezini etkiler ve sitotoksik etki gosterir. DNA ısı ve pH degisikligi nedeniyle ayrilabilir. Buna denaturasyon denir. Isıyla H kopruleri kirilabilir. Sogutmayla da geri birlesir. (renaturasyon). DNAnin yarisinin acildigi isiya DNAnin erime isisi denir. Spektrofotometrede gorulebilir. G-C arasinda 3 A-T arasinda 2 H bagi oldugu icin G-C bol olan DNAlar daha dayaniklidir. Fosfodiester baglari isi ve phtan pek etkilenmez (peptit bagi gibi).
Mitekondriyal DNA %1 kadarini olusturur. Mitekondri mendelyen kalitima uymaz %100e yakini anneden gelir. Onemli ozellikler 1-halkasal ve cift sarmallidir hafif ve agir zinciri vardir. (bakterilerin normal DNAsi da halkasaldir.) 2-solunum zincirinin ETZ 67tane proteinin 13 tanesi bu DNAda kopyalanir. (ETZnin genetik bilgisinin bir kismi  mitekondriden gelir.) KompleksIInin(suksinat dehidrogenaz, hemTCA hem ETZde yer alan enzim) tüm proteinleri nukleer DNAdan kopyalanir. 3- ribozomal RNAlari mitekondri DNAsi kodlar 4- transfer RNAyi kodlar (t-RNA) 5-mutasyon gorulme orani 5-10 kat siktir. 6- genetik kodu farklidir. Misal UGA DNAda stop kodonu iken mt DNAda triptofana karsilik gelir.
DNA sentezi; DNA semikonservatif replikasyon ile sentezlenir. İki zincir komple ayrilarak iki zincir de tamamlar. Olusan yavru DNALarda bir eski bir yeni zincir vardir (semikonservatif).
Hucre dongusunde, kontrol edici proteinler var. bunlara siklin adini veriyoruz. Bunlar calisirken siklin bagimli kinaz (CDK) enzimleri yardimiyla calisirlar.
Siklin D (CDK4 ve 6yi kullanir onemli degil)  G1den S noktasinin asilmasini saglar. Zorunlu olarak Se ilerler.
Siklin E A, S evresini baslatir. Siklin B G2den Me gecirtir.
G1 fazi ilk ayrilma fazidir. Karar fazidir. Bir hucre cogalip cogalmayacagi kararini G1de verir. Eger cogalmayacaksa eger cogalmayacaksa G0 denen sessiz ya da terminal durumda bekler.
S fazi DNA replikasyonu bu fazda gerceklesir. Histonlar da burada sentezlenir.
G2 DNAmiz artik ikiye cikti ama hucre birtane. İkinci ayrilma fazi denebilir. Burada da hucrenin bolunmesi karari veriliyor.
M fazina geciliyor. Profaz metafaz anafaz ve telofaz burada. Sonra her iki  hucre de G1e donuyor.
G1 ve G2yi kontrol eden p53 genidir. Eger hatali bir sey varsa apoptozu saglar. p53te mutasyon varsa apoptoz olmaz.
DNA replikasyonun baslamasi icin 1-ortamda substratlar olmali (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) 2-tek zincir DNA kalibi 3-Primer (DNA sentezi baslatmak icin zincire yapisacak ≈10 nukleotitli RNAparcasi) RNA sentezinde primer gerekli degildir. 4- Enzimler (helikaz, topoizomeraz, polimeraz vs)
DNA replikasyon basamaklari; ilk once replikasyon balsama bolgesi belirlenir. Replikasyon orjini. Bu genelde A-Tden zengin bir bolgedir. (ayrilmasi kolay oldugu icin) burayi DNA A denen proteinler belirler.
Sonra karsilikli olarak ayrilma baslar. Acan enzim DNA helikaz.
Daha sonra replikasyon catalinin olusmasi.
DNA sentezi ve uzamasinin baslamasi.
Tekrar katlanma ve paketlenme. (shine dalgarno dizesi E.colide bulunan AUGden 5 10 baz once olan ve prt sentezini belirleyen dizedir UAGAGG)
Replikasyon nukleusta gerceklesir.
Replikasyon orjinini DNA A proteini gelir ve A-Tden zengin noktayi bulur ve acar. DNA Helikaz(DNA B) replikasyon catalina yerlesip bunu fermuar kulpu gibi ayirmaya basladiktan sonra H baglari geri birlesmesin diye tek sarmallara tek sarmalli DNA baglayan proteinler (TSB) denen proteinler baglanir ve renaturasyonu engeller.
DNA polimeraz 3, asil replike edici enzimdir ve 5’den 3’ne replikasyon yapabilir. Zincirlerden biri helikazla ayni yone dogru gittigi icin DNA ayrildikca gider. Lider ya da kesiksiz zincir denir. (3’ucuyla baslayan zincir) diger zincir ise farkli olmak zorunda. Ters yone dustugu icin kesik kesik replike etmek zorunda. Okazagi fragmanlari bu kucuk DNA parcalaridir. Lider zincirde bir tane primer yeterlidir. Primerleri yapan enzime primaz denir. Primazin gorevi serbes 3’hidroksil bagini olusturmaktir. Primerden ilerleyip bir onceki yapilmis okazagi fragmaninin primerine yaklasinca duruyor. Oradaki primeri cikarip atan da DNA polimeraz I dir. Geriye iki tane fragmanin arasinda kurulmamis tek bir fosfodiester bagi kaliyor. Bunu yapan da DNA ligazdir. (okazaki fragmanlarini birlestiren)

Ercan Öztürk ders anlatımı

antitusif.com

Seo4Smf Tags: replikasyonu pirimidin yapimi yapisi 
Tıklayın, konuyu kendi sosyal ağlarınızda paylaşın.


 


Pirimidin yapimi DNA yapisi ve replikasyonu Related Topics

DNA Replikasyonu
[html] Continue..

Gösterim: 3495 - Yanıt: 0 - Başlatan:Cenk Önsoy
Purin ve Ürik asit metabolizmasi pirimidin sentezi
Nukleik asitler; ribonukleotidler ve deoksiribonukleotidler DNA RNA ve proteinler icin olmazsa olmazdir. Ayrica lipitleri sekerl... Continue..

Gösterim: 4033 - Yanıt: 0 - Başlatan:Hüseyin
Proteinler giris aminoasitlerin yapisi
Proteinlerin türlü cesitleri ve görevleri var (kas proteinleri savunma proteinleri vs)Aminoasitlerde α karbonu var ve dort farkl... Continue..

Gösterim: 1820 - Yanıt: 0 - Başlatan:Hüseyin
DNA Replikasyonu - Animasyon
http://www.johnkyrk.com/DNAreplic.tr.swf Continue..

Gösterim: 4486 - Yanıt: 0 - Başlatan:Cenk Önsoy

Biyoloji Günlüğü
Site tasarım ve düzenlemesi Cenk Önsoy'a aittir.